一、HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系（论文文献综述）
钟丽梅[1]（2021）在《大豆驯化过程中的种群历史和选择模式》文中研究指明选择是物种适应性进化的主要驱动力,鉴定物种基因组上受到选择的位点是群体遗传学研究的主要内容之一。过去20年,选择位点的鉴定主要围绕着硬选择性清除这一选择模式进行,但近几年来,人们开始逐渐认识到软选择性清除在物种适应性进化过程中的重要性。目前,关于软选择性清除模式在栽培大豆驯化过程以及野生大豆适应性进化过程中的可能作用,尚无研究报道。首先,研究了一个软选择性清除基因案例Dt1在大豆基因组上的选择印迹。Dt1是大豆中首个在分子水平上鉴定到的驯化相关基因,其基因编码区上4个非同义突变的作用使得茎生长习性从无限生长向有限生长转变。我们对包含216份栽培大豆和147份野生大豆在内的363份大豆材料的Dt1位点及其周围～800kb基因组区域的遗传变异模式进行分析,结果在4个有限生长功能突变位点周边检测到了4个不对称的、大小分别约为660、120、220和150 kb的局部硬选择性清除区域,一起构成整个基因位点上的软选择性清除印迹。单倍型网络和系统发育分析结果表明4个有限生长习性单倍型具有三个独立的起源,其中一个直接来源于野生大豆,另外三个来源于具有茎无限生长习性的栽培大豆。接着,基于前人发表的包括62份野生大豆、130份栽培大豆地方品种以及110栽培大豆育成品种在内的302份大豆全基因组重测序数据,分析了栽培和野生大豆过去一百万年的有效种群大小变化,构建了栽培和野生大豆的中性种群历史动态模型,并且系统地研究了两个大豆群体适应性进化过程中硬选择性清除和软选择性清除模式的相对贡献。通过PSMC和SMC++两种方法对野生和栽培大豆过去一百万年的有效种群大小历史进行分析,结果发现栽培大豆有效群体大概从2.4万年前开始下降,直到大约4千年前从野生大豆中完全分离出来,之后持续下降,再到大约1500年前,下降到4000左右的最低值。基于这一推断模式的溯祖模拟分析结果与真实基因组数据吻合度高,表明了栽培大豆种群历史推断结果的可靠性。随后,我们通过H12统计量以逐渐递增的7个分析窗口长度对野生大豆和栽培大豆基因组上的选择性清除区域进行扫描,并通过H2/H1计算硬选择和软选择基因的比例。研究结果表明软选择性清除模式在野生大豆的适应性进化过程中更为普遍,而硬选择性清除则是栽培大豆在驯化过程中的主导模式。对少部分的软选择性清除基因进行分析,发现那些所谓的软选择性清除印迹实际上是由于逐步硬选择性清除模式造成的,进一步说明硬选择性清除在大豆驯化过程中的主导地位。最后,我们以包括Dt1在内的六个驯化相关基因作为研究对象,评估了五种基于不同选择特征的选择检测方法的功效,并基于驯化相关基因的共同选择特征,在全基因组范围内筛选驯化过程中受到选择的靶位点。结果表明基于遗传分化(FST)的方法对于检测完全的硬选择性清除最为有效,基于连锁不平衡构建的统计量对于识别最近/正在进行的选择表现良好;但是并没有一种有效的方法能够检测到Dt1基因上的软选择性清除印迹。我们最后鉴定到了348个在大豆驯化过程中受到选择的潜在位点,其中66个同时被FST和i HH同时鉴定到的硬选择基因,它们与大豆中先前报道的诸多QTL/GWAS性状关联的遗传标记存在共线性关系,这为后续研究他们的生物学功能提供了重要的线索。本研究从理论层面上能够为大豆乃至作物驯化的选择模式和分子进化理论提供重要的见解;从实践层面上为后续深入挖掘控制大豆重要性状的关键基因、有效培育优良大豆品种提供扎实的理论基础。
赵巧辉,李桂林,徐延伟,付光宇,吴学炜,杨增利[2]（2020）在《重组表达HIV不同亚型gp41蛋白的抗原表位暴露情况分析》文中研究指明目的通过化学发光法检测原核重组HIV Ⅰ型4种不同亚型gp41膜外区蛋白对阴阳性标本的反应性,间接反映重组表达gp41膜外区蛋白的抗原表位暴露情况,为科研、临床异常标本分析提供分析方法。方法选取HIV Ⅰ型4个国内主流基因型（BC、AE、B、C）膜外区序列,克隆至p GEX4T-3载体中,优化目标蛋白的纯化工艺,制备出HIV Ⅰ型gp41膜外区相应蛋白作为包被抗原,与商品化gp41-HRP酶结合物配对后,夹心法进行HIV Ⅰ型阴阳性标本反应性的测试,从而判断相应蛋白抗原表位暴露情况。结果 HIV Ⅰ型4个亚型的gp41膜外区相同区段在pGEX4T-3原核载体中均能表达出符合预期大小的目的蛋白;纯化后分别作为包被抗原,按相同浓度包被后进行HIV Ⅰ型阴阳性标本的测试,结果显示不同亚型的gp41表达蛋白与商品化gp41-HRP酶反应性存在较大差异。结论通过原核表达系统高效表达了HIV Ⅰ型主流亚型gp41膜外区蛋白,化学发光法组建夹心法进行阴阳性标本测试,其反应性不一致,间接反映出不同基因型选取同一表达区域进行体外重组表达其结构折叠方式有区别,此研究为HIV科研、临床标本验证等提供了基础。
李天一[3]（2019）在《云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究》文中研究指明艾滋病1985年传入我国,近10年来,我国艾滋病的流行模式由血液和静脉吸毒传播为主转变为以性传播为主,经性传播的比例从2006年的33.1%增加到2017年的94.6%,其中异性性传播的比例为69.2%。在我国,估计有400-1000万女性性工作者（Female sex workers,FSWs）,1860岁成年男性约69%有嫖娼史,FSWs具有特殊的脆弱性,容易被边缘化,具有特别高的HIV（Human Immunodeficiency Virus）感染的负担,是HIV和其他性病从高危人群向一般人群传播的桥梁人群,FSWs及嫖客人群是应该受到特别重视的我国HIV流行的关键人群。HCV（Hepatitis C virus）主要经血液及经皮暴露传播,与HIV具有共同的传播途径和危险人群,共同感染十分普遍。HIV感染可增加HCV感染的风险,降低HCV的体内清除率,加快HCV感染的疾病进程,HCV感染也可加快HIV的疾病进展,HCV相关肝病也是HIV感染者主要的疾病和死亡原因。HPgV-2（Human pegivirus 2）是2015年由两个独立的研究小组报道的一种新的主要经血传播的人类病毒,属于黄病毒科的一个新属（Pegivirus）,目前,仅有几项研究证实其主要感染HCV阳性的人,对这个病毒与HIV和HCV感染的关系、致病性等目前尚无定论。云南省是我国艾滋病流行的起源地,红河州是云南省艾滋病疫情最为严重的地区。为了摸清红河州艾滋病流行的特点和规律,2008年5月至2014年6月,中国疾病预防控制中心汪宁教授课题组在云南红河州的开远、蒙自和河口针对暗娼和嫖客人群进行了艾滋病的流行病学研究,通过系列横断面研究和前瞻性队列研究,获得了FSW及嫖客人群的HIV新发感染率及其变化趋势、新发感染相关的危险因素、HIV阳性FSW二代传播的风险等一批重要的研究结果。本课题在此基础上,以历次调查确认的771名HIV阳性者为研究对象,利用采集并保存的血浆标本和调查信息,进行HIV的分子流行病学研究、与HIV共感染的HCV和HPgV-2的分子流行病学研究,目的是阐明当地高危人群中HIV及其共感染的HCV和HPgV-2的基因变异特征,从分子水平进一步揭示流行规律,明确病毒传播的关键环节,为HIV及其他两种病毒感染的防控提供依据。第一部分云南省红河州高危人群HIV感染的分子流行病学研究背景:HIV具有高度的变异性,HIV-1的M群广泛流行,可进一步分成A-D、F-H、J和K共9个亚型及88个流行重组型（Circulating Recombinant Forms,CRF）及无数的独特重组型（Unique Recombinant Forms,URF）。云南省是我国主要流行HIV-1毒株的传入地和重组毒株的起源地,流行毒株的分布有显着的地理、民族和传播途径的差异,对红河州以暗娼和嫖客为主的高危人群缺乏HIV-1基因亚型分布及长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,提取纯化血浆病毒RNA（Ribonucleic Acid）,一步法逆转录巢式PCR（Polymerase Chain Reaction）扩增HIV-1pol区约3100bp的片段并测序,进行下列研究:（1）病毒基因亚型:采用构建NJ（Neighbor-Joining）进化树和使用在线工具COMET和REGA的方法分型,两种工具分型结果一致且置信值为100%的为确定的分型结果,结合流行病学信息,分析基因亚型与人群特征的关系及随时间的变化。（2）病毒基因重组:用jpHMM软件进行病毒基因重组分析,将不同插入片段分别与标准参考株构建NJ进化树,判断重组片段的来源,分析不同高危人群的重组模式特征。（3）传播簇分析:对不同亚型的序列分组,剪切为相同长度,删除已知的耐药位点,构建ML（Maximum-likelihood）进化树,判断传播簇的标准是bootstrap大于990,基因距离小于0.015。分析成簇人员的特征以及成簇相关的因素。将HIV感染者的首次标本及其病毒基因序列分为20082010年、20082012年、2008年2014年3组,分别构建ML树并进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化。（4）耐药分析:将拼接编辑的pol区序列提交美国斯坦福大学的HIV耐药数据库（http://hivdb.stanford.edu）,通过序列比对确定耐药突变的位置、种类、耐药程度及药物敏感性的解释。（5）红河毒株与云南省流行毒株的关系:收集318例20082010年采样的云南各地HIV感染者的pol区基因序列,与本研究获得的序列一并构建进化树,对成簇的流行毒株构建MCC（Maximum clade credibility）进化树,分析红河州HIV-1毒株与云南省流行毒株的关系。结果:获得386例研究对象的HIV-1 pol区基因序列,除20082009年采样的标本扩增测序失败的比例显着高于其他时间采样的标本外,扩增测序成功与失败的人员在人口学特征方面均无显着性差异。获得的主要结果:（1）HIV-1基因亚型及其人群分布和时间变化:当地流行的HIV-1毒株比例由高到低依次为CRF08BC（62.95%）、CRF07BC（10.88%）、新型重组毒株URF（10.88%）、CRF01AE（8.03%）、C（6.99%）和B（0.26%）。各亚型HIV-1在各类人群的分布有显着差异,吸毒人群中CRF08BC的比例显着高于嫖客和暗娼人群;CRF01AE毒株几乎仅出现在不吸毒的嫖客和暗娼;HIV-1基因亚型的分布随时间呈现明显变化,CRF08BC的比例下降,在性传播人群中最为显着;暗娼人群中CRF07BC和CRF01AE的比例显着提高;嫖客人群中URF毒株的比例显着高于其他人群,是新型HIV-1毒株主要来源。（2）不同人群中新型重组毒株（URF）的基因重组模式有显着差异,B/C重组主要出现IDU（Intravenous Drug Users）人群,CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客人群,B/C重组的C亚型病毒骨架主要来源于CRF08BC或CRF07BC。（3）参与分析的386条序列形成32个传播簇,成簇率20.98%,簇的大小为28,含2条序列的簇占绝对优势（71.88%）,大部分簇内人员发生过商业性行为。年龄大（50岁以上）、单身、感染CRF07BC毒株等因素与成簇相关。虽然各亚型的成簇数均随时间而增加,但是簇内人员数和成簇率均未见增加,未见传播簇的扩张。（4）CRF07BC、C和CRF01AE均形成红河当地的流行簇,呈现奠基效应。结论:（1）CRF08BC是当地优势毒株,CRF01AE在不吸毒的嫖客和暗娼中的比例显着高于吸毒人群,当地正在发生优势毒株由CRF08BC向CRF07BC和CRF01AE的转变,与性传播超越静脉吸毒成为当地主要传播途径的转变是一致的。（2）IDU人群病毒的主要重组模式是B/C,多数源于CRF08BC或CRF07BC的二代重组。CRF01AE参与的重组主要出现在不吸毒的暗娼和嫖客,主要源于CRF01AE与CRF08BC或CRF07BC的二代重组。不吸毒的嫖客人群是新型重组毒株的孵化器,应密切监测。（3）HIV-1传播簇以含2条序列的小簇为主,形成传播簇的多为有IDU行为的人,推测IDU嫖客与IDU暗娼在从事性交易的同时,可能也常共用注射器吸毒。未见传播簇随时间的扩张,推测静脉吸毒的暗娼和嫖客多数以长期稳定的“对子”形式活动,很少有新成员加入。（4）主要流行毒株形成当地的流行簇,与云南其他地区交集不多,是艾滋病预防控制的有利条件。第二部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HCV分子流行病学研究背景:HCV的复制和突变速率均大于HIV-1,在RNA病毒中居首。目前将HCV分为7个基因型和83个亚型,1型和3型流行范围最广,4型和5型是低收入国家最常见的亚型。我国是HCV感染大国,已检出HCV 6个基因型的24个亚型。云南省是HCV的高流行地区,吸毒人群中HCV基因亚型复杂,各亚型毒株的分布有显着的地区差异。对红河州及以暗娼和嫖客为主且感染了HIV的人群,尚缺乏HCV基因亚型分布及其长期变化的研究。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）用ELISA法检测HCV抗体,分析各类人群中HCV抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）一步法逆转录巢式PCR扩增HCV CE2（1300bp）和NS5B（1000bp）区基因片段并测序。（4）分析HCV基因亚型:将CE2和NS5B区的序列质量控制后提交到COMET HCV比对网站,得出分型结果。再下载53条各基因型的参考序列,分别导入CE2和NS5B的fas文件,用MEGA 6构建NJ树,汇总两种方法的结果确定基因亚型。（5）HCV成簇分析:将序列构建ML进化树确定传播簇,传播簇的判断标准为bootstrap值大于99%、基因距离小于0.05。将研究对象的首次标本及其HCV基因序列分为20082010年、20082012年、20082014年3组,分别进行成簇分析,观察传播簇数目和规模随时间的变化,对主要流行毒株进行流行动力学分析。（6）HIV与HCV的共传播:对同时获得HIV和HCV序列的研究对象进行两种病毒传播簇的比较。结果:（1）检出HCV抗体阳性500例,仅静脉吸毒的人群（IDU）HCV抗体的阳性率是99.25%,有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率显着高于无静脉吸毒行为的人群（97.85%vs19.10%,P<0.05）。单纯嫖客人群和单纯暗娼人群HCV抗体的阳性率分别是36.89%和7.93%。（2）有357例HCV RNA扩增测序成功,其中CE2区334例、NS5B区293例,扩增测序成功率为71.2%,不同特征人群扩增测序的成功率无显着差异。依据CE2和/或NS5B区确定HCV基因亚型,构成比由高到低依次为3b（37.25%）、3a（26.05%）、6n（17.37%）、1b（10.36%）、6a（7.84%）和其他亚型（6k、6v和2a）。不同人群HCV基因亚型的分布有显着差异,暗娼人群6a多于1b,且未检出5个亚型（3b、3a、6n、1b、6a）以外的其他亚型。（3）HCV基因亚型的分布在20082011、20122014两个时间段呈明显变化,6n在各人群均呈下降趋势、6a在暗娼和嫖客人群显着上升、3a在吸毒人群中显着升高而在嫖客和暗娼人群中下降、3b在嫖客人群中显着升高,在其他人群中变化不大。（4）共确认30个传播簇,成簇率为16.81%,绝大多数（93.33%）为仅有2条序列的传播对。簇内人员为IDU嫖客与IDU暗娼的占75%、均为仅IDU人员的占25%、簇内人员同民族的居多（85.71%）、文化程度均偏低居多（66.67%）、含单身人士的居多（89.34%）,不同HCV基因亚型成簇率具有显着差异,由高到低依次是6a（37.04%）、3b（21.37%）、3a（17.02%）、6n（6.35%）、1b（5.41%）,不同类型高危人群的成簇率未见显着差异。（5）HCV传播簇的数目和成簇率随时间增加,但未见传播簇随时间而扩张,保持以2条序列的小簇为主。在同时获得HIV和HCV序列的研究对象中,有6对2种病毒均成簇,可能为共同传播。结论:（1）有静脉吸毒行为的人群HCV抗体阳性率最高。获得了性高危人群（暗娼和嫖客）HCV抗体阳性率的数据,明显高于目前所知异性传播HCV的水平,需要密切监测和研究。（2）HCV的基因亚型复杂,毒株的种类和分布正在发生变化,3b毒株在嫖客人群中的增加最为显着。（3）HCV的成簇率为16.81%,绝大多数为传播对,簇内人员的社会人口学特征多数相近,基本信息未知的人显示成簇率较高的趋势,提示调查依从性较差的人可能具有多重危险因素,感染和传播的危险较大。不同HCV基因亚型成簇率的差异,体现了不同毒株的流行和传播特征,成簇率较高的更多在共用注射器吸毒的人群中传播,成簇率低的可能主要通过偶发的针刺等事件传播。（4）未见传播簇随时间而扩张,提示当地共用注射器吸毒的人员长期保持稳定的关系,很少有新成员加入,HCV传播的增加主要是由于共用注射器吸毒的对子（2人）增加所导致的,预防控制的重点应该是减少新增吸毒人员。第三部分云南省红河州高危人群与HIV共感染的HPgV-2分子流行病学研究背景:HPgV-2是一个新的经皮传播的血源性传染性病毒,几乎所有确诊的HPgV-2病例都是与HCV双重感染,但在无HCV感染的人群中也有低流行率。在云南省的特殊高危人群中HPgV-2的流行状况如何?是否HPgV-2影响HIV和HCV感染的进程?都需要深入研究。由于这个病毒多数是与HIV和/或HCV共感染,对其致病性尚无定论。方法:挑选HIV抗体确认阳性标本并整理背景信息,进行下列研究:（1）检测HPgV-2抗体,采用自建的ELISA法检测HPgV-2抗体,分析不同特征人群抗体阳性率的差异。（2）提取纯化血浆病毒RNA。（3）获得HPgV-2基因片段并测序,采用逆转录巢式PCR扩增HPgV-2 NS3区长度为153bp的基因片段并测序,比较不同特征人群的HPgV-2 RNA阳性率。（4）高通量测序获得HPgV-2的全长基因组。（5）整理HPgV-2基因序列,质量控制后,进行系统进化分析,确定HPgV-2与其他Pegivirus属病毒的亲缘关系,比较全长序列各基因片段的基因离散率。（6）HIV和HCV载量的检测和比较:取全部HPgV-2 RNA阳性标本,挑选2倍数量HPgV-2 RNA阴性标本,两组标本HIV和HCV RNA均阳性,采样时间为同一年份、抗病毒治疗情况和传播途径相同。分别检测HIV和HCV载量。结果:（1）HIV-1感染者的HPgV-2抗体阳性率为25.29%,HIV抗体和HCV抗体均阳性者的HPgV-2抗体阳性率显着高于HIV抗体阳性而HCV抗体阴性者（27.69%vs 20.83%,p<0.05）。HPgV-2与HIV-1共感染率呈随时间升高的趋势。HIV-1感染者的HPgV-2核酸阳性率为5.32%,HIV-1与HCV同时阳性者的HPgV-2核酸阳性率高于仅仅HIV-1阳性者（6.37%vs 3.35%,p<0.05）。（2）单纯吸毒者、单纯暗娼嫖客人群和混合行为组,HPgV-2抗体和核酸的阳性率分别为38.57%和6.09%、21.75%和3.57%、19.55%和6.77%,单纯吸毒人群的阳性率显着高于暗娼和嫖客人群（p值均<0.01）。（3）HPgV-2核酸阳性组和阴性组的HCV载量平均值分别为1.11E+06cp/ml和7.19E+05cp/ml、HIV载量的平均值分别为5.36E+04cp/ml和2.14E+05cp/ml,均无显着性差异。（4）获得了7条HPgV-2的全基因组序列,红河的HPgV-2独自成簇,奠基者效应显着。鉴定出3个可能的传播簇,1个簇可能为HPgV-2与HIV和HCV的共传播。结论:（1）本研究特殊HIV感染的高危人群中,HPgV-2的流行率较高,可能与研究对象既有IDU等经皮经血暴露的行为,还有频繁的经性暴露行为有关。（2）HPgV-2感染最常发生于HCV阳性的人,常通过经皮经血途径传播,也可能存在经性传播。（3）未发现HPgV-2感染对HIV和HCV的复制有影响。（4）HPgV-2基因序列较为保守,红河的毒株在局部地区独立传播流行,与HIV和HCV的共感染比较罕见。静脉吸毒与性乱行为交织的高危人群是新病毒产生和传播的沃土,需要密切监测和深入研究。
劳飞翔,莫实德,邓培雪,黄洁洁,梁林盼,黎玲莉,廖玮,梁冰玉,叶力[4]（2019）在《广西防城港市HIV-1流行株env基因C2V3区序列特征及亚型分析》文中研究指明目的了解近期防城港市HIV-1流行毒株env基因C2V3区亚型及分布特征,为防城港市防治艾滋病工作提供科学依据。方法于2017年10月～2018年4月在防城港市人民医院收集199例定点随访的接受抗病毒治疗的HIV感染者或艾滋病病人（human immunodeficiency virus/acquired immunodeficiency syndrome,HIV/AIDS）的流行病学调查信息和10 ml外周血。从外周血白细胞中提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应对获得的HIV-1前病毒DNA env C2V3区基因片段进行扩增,并进行DNA测序,获得的DNA序列信息使用Sequencher 5.1、MEGA 5.0软件进行清理和分析。结果本研究共收集199例HIV/AIDS,其人口学特征主要以年龄18～49岁为主,占53.70%;职业以农民和待业为主,分别占42.59%、45.37%;学历以初中及以下为主,占89.81%;民族以汉族为主,占75.93%;传播途径以异性传播为主,占93.52%。成功扩增HIV-1env C2V3区基因108例,其中CRF01AE（Circulating Recombinant Forms,CRF）亚型103例,CRF BC亚型3例,B、CRF5901B亚型各1例。发现8种gp120 V3环顶端四肽,其中以GPGQ为主,占50.00%;其次为GPGR和GPGK,分别占22.22%、12.96%。预测辅助受体为CXCR4（chemo-kine receptor 4） 59例,占54.63%;其次是CCR5辅助受体（chemo-kine receptor 5）30例,占27.78%;CXCR4/CCR5辅助受体19例,占17.59%。结论防城港市主要流行HIV-1 CRF01AE亚型,其流行毒株亚型存在多态性。防城港市HIV-1型CRF01AE毒株膜区V3环氨基酸顶端四肽存在较高的多态性,使用CXCR4辅助受体的HIV-1毒株比例高于用CCR5辅助受体的毒株。
宋丹[5]（2012）在《郑州地区男男同性恋人群HIV-1感染者基因亚型及耐药分析》文中研究表明背景：艾滋病是当今社会公认的十大致死性疾病之一,严重威胁着人类的生命及健康。河南省是我国艾滋病的高发省,累计确认感染人数位居全国前三位。上世纪多以有偿献血传播为主,亚型也多为B、B’。近年来,河南省艾滋病的传播途径已由输血感染向母婴传播、性传播等多途径转变,性传播比例明显增多,尤以男男同性恋者上升速度最为明显。由于男男同性恋性行为方式的特殊性,使得艾滋病通过该人群传播的可能性大大增加,因此我们必须高度重视男男同性恋人群的艾滋病感染问题。目的：了解河南省郑州市男男同性恋人群HIV-1流行株的亚型分布情况及HIV-1耐药性毒株发生和流行的情况,分析病毒传播途径、流行规律,为临床药物治疗提供依据。方法：40例男男同性恋全血样本均来自郑州市已确认为HIV-1阳性感染者,48h内进行CD4+T淋巴细胞数目测定,离心分离血浆,检测血浆中病毒载量,并从血浆中抽提RNA,运用反转录及巢式PCR方法扩增gag、pol和gp41区基因,并进行序列测定,部分样本gag区送克隆菌进行测序,使用Chromas软件进行序列质量评价,Contig软件进行序列拼接,应用BioEdit软件对序列进行校对编辑,利用MEG A3.1软件构件系统进化树,同时使用美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库和美匡|NCBI提供的在线分析工具进行比对分析,根据三区分型结果最终确定基因亚型。将测序得到的pol区序列提交至斯坦福大学HIV-1耐药数据库进行耐药分析。结果：1.通过分析男男同性恋中未接受治疗的艾滋病感染者的CD4+T淋巴细胞数目和病毒载量的关系,我们发现二者有负相关关系。2.亚型分析结果：经测序,最终得到24条gag区全长基因序列、22条pol区全长基因序列和18条gp41区序列,根据三个结构基因的分型结果,得出郑州市男男同性恋人群艾滋病感染者存在四种亚型,分别为B、CRF01-AE、CRF07-BC、01B亚型。3.耐药情况：男男同性恋中未接受治疗的艾滋病感染者未发现耐药突变；接受治疗的艾滋病感染者出现对蛋白酶抑制剂奈非那韦低度耐药,对非核苷类逆转录酶抑制剂依非韦仑、奈韦拉平高度耐药,未检测到对核苷类逆转录酶抑制剂耐药相关突变。结论：1.郑州市男男同性恋中未接受治疗的艾滋病感染者的CD4+T淋巴细胞数目和病毒载量呈负相关关系。2.小样本量的流行病学调查显示,河南省郑州市男男同性恋人群中主要存在B、CRF01-AE、CRF07-BC和01B四种亚型,重组型毒株逐渐占优势。3.郑州市男男同性恋中,未接受治疗的艾滋病感染者对蛋白酶抑制剂和逆转录酶抑制剂均未产生耐药。4.郑州市男男同性恋接受治疗的感染者中,两个艾滋病感染者对蛋白酶抑制剂奈非那韦低度耐药；一个患者对非核苷类逆转录酶抑制剂依非韦仑、奈韦拉平高度耐药。
赵广录,于微,张娟娟,陈琳,冯铁建,王峰,洪福昌,王晓辉,李青[6]（2012）在《深圳地区1992-2008年HIV-1分子流行病学研究》文中进行了进一步梳理目的了解1992-2008年深圳地区HIV-1亚型的流行特点。方法抽取1992-2008年深圳地区HIV确认阳性患者血清489份,应用巢式PCR扩增膜蛋白基因（env基因）,并对PCR产物进行序列测定和分析。结果共有464份样本获得分型结果,主要为CRF01 AE亚型（64.4%,299/464）,其次是CRF BC（17.5%,81/464）、B’（14.7%,68/464）和B亚型（2.4%,11/464）,还发现C（0.4%,2/464）、Al（0.2%,1/464）、CRF02 AG（0.2%,1/464）和CRF06 cpx（0.2%,1/464）亚型/重组亚型。CRF01 AE和CRF BC主要流行于异性性传播、同性性传播和静脉吸毒人群,B’亚型主要经异性、同性性传播和血液传播。另外经系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间汇聚现象,并伴随传播途径的聚集以及交叉感染现象;各亚型/重组株样本组内及与标准参考株间的基因离散率随着时间的增加有明显增大趋势。结论 CRF01 AE重组株是深圳地区HIV-1的主要流行株,CRF BC、B、B、C、A1和CRF02AG、CRF06cpx亚型/重组亚型也在深圳地区少量流行,各亚型在流行过程中发生较大变异。
于微,赵广录,张娟娟,陈琳,冯铁建[7]（2011）在《1992—2008年深圳HIV-1 CRF01AE重组株的流行趋势与进化规律》文中研究指明目的了解HIV-1 CRF01AE重组株在深圳地区的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律。方法收集深圳地区1992—2008年HIV确认阳性血液样本489份,应用巢式聚合酶链反应（Nested-PCR）技术,对样本膜蛋白（Env）基因进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定,判定亚型结果。对获得的CRF01AE重组株核酸序列进行系统进化分析,并计算基因离散率。结果共有465份样本获得分型结果,其中CRF01AE重组株样本300份（占64.5%）。1992—1999、2000—2005和2006—2008年3个时间段CRF01AE重组株所占比例分别为56.8%（21/37）、68.4%（78/114）和64.0%（201/314）;在这3个时间段内,经异性性传播的比例分别为52.4%（11/21）、43.6%（34/78）和45.8%（92/201）,经同性性传播的比率上升明显,分别为4.8%（1/21）、0.0%（0/78）和22.4%（45/201）,经吸毒传播的比例分别为19.0%（4/21）、51.3%（40/78）和30.8%（62/210）。系统进化分析发现,不同时间段的样本出现明显的时间聚集现象,并伴有传播途径的聚集及交叉感染现象。各时间段CRF01AE重组株组内基因离散率分别为（8.783±4.717）%、（11.054±7.141）%、（13.218±4.080）%,有明显的增大趋势。结论 HIV-1 CRF01AE重组株是深圳地区的主要流行株,主要经异性性行为、同性恋和吸毒人群传播,随着时间的推移毒株变异程度逐渐增大。
孙进华[8]（2011）在《甘蓝型油菜硼转运子基因的克隆、表达和分子进化》文中指出硼是植物生长发育必需的微量营养元素之一。油菜在我国是继水稻、小麦、玉米、大豆之后的第五大作物,是我国的主要油料作物之一。甘蓝型油菜是需硼较多的作物,对缺硼敏感。缺硼影响营养生长和生殖生长,导致甘蓝型油菜植株矮小,“花而不实”,从而造成产量的大量减产。在我国,油菜的主产区位于长江中下游,其总产量占全国的80%以上,而这一地区的土壤普遍缺硼。不同甘蓝型油菜品种的硼吸收利用效率存在显着差异,而且受基因控制,这为硼效率性状的遗传改良提供了基础。硼转运子广泛存在于高等植物中,负责硼在植物体内的转运,在植物缺硼胁迫和高硼毒害时发挥重要的作用。我们课题组在筛选获得甘蓝型油菜硼高效和低效品种的基础上,已经开展了硼高效的生理机制和硼高效QTLs的研究。为了明确甘蓝型油菜中硼转运子与硼高效吸收转运的关系,本文研究了硼高、低效品种苗期硼吸收转运的差异,在甘蓝型油菜中克隆了硼转运子基因BnBOR1,分析了这些基因的分子进化和表达模式,探讨了硼转运子基因与硼相关QTLs之间关系。获得以下主要结果：1.不同硼处理下,甘蓝型油菜硼高、低效品种的生理差异营养液培养条件下,调查了硼高效品种青油10号和硼低效品种Westar在不同硼水平下的干重、根长、硼累积量和硼转运系数。结果表明,在缺硼（0.25μM）条件下,硼高效品种（青油10号）生长较好,而硼低效品种（Westar）对缺硼敏感,生长明显受阻。硼高效品种的硼转运系数（地上部和根部硼累积量的比值）高于硼低效品种,即硼高效品种具有较高的硼转运能力。2.硼转运子基因的克隆及其结构特征利用同源克隆法,采用RACE技术,在甘蓝型油菜中分离克隆了6个硼转运子基因,分别命名为：BnBOR1,la、BnBOR1;lc、BnBOR1;2a、BnBOR1;2c、BnBOR1;3a和BnBOR1;3c。Southern杂交和基因克隆的结果表明,甘蓝型油菜BnBOR1基因家族很可能仅存在6个BnBOR1基因。BnBOR1存在内含子保留和竞争性剪切的方式,在其3’端还存在丰富的可变加尾位点。BnBOR1; la在转录起始位点’TATA box和5’端非翻译区之间有一个33 bp的反向重复序列,这可能是一个芸薹族特异的新近产生的MITE-like结构。BnBOR1;la、BnBOR1;lc、BnBORl;2a和BnBOR1;2c丢失了两个内含子。3.硼转运子基因的分子进化对芸薹科BOR1基因系统进化树分析表明,甘蓝型油菜BnBORl为拟南芥AtBORl的直系同源基因,它们一起形成芸薹科BOR1基因家族。6个BnBOR1基因可分为3个组,每组包括2个基因,一个来源于A基因组,另一个来源于C基因组。其中,BnBOR1;la和BnBOR1;lc为第一组（Group I）; BnBOR1;2a和BnBOR1;2c为第二组（Group II）; BnBOR1;3a和BnBOR1;3c为第三组（GroupⅢ）,并且,第一组和第二组的亲缘关系比它们与第三组的亲缘关系更近。其中,BnBOR1;la、BnBOR1;2a和BnBOR1;3a来自于A基因组,另外3个基因来自于C基因组。6个BnBOR1基因的系统进化树证实了芸薹族物种三倍化和甘蓝型油菜的异源二倍化理论,说明BnBOR1基因的形成反映了芸薹族基因组进化过程中的三倍化事件。在此基础上,我们提出假说,认为芸薹族的三倍化不是一次加倍过程形成的,而是山一个同源四倍化和一个异源二倍化两个过程综合作用的结果。BnBOR1密码子存在一定的偏爱性,但成员之间差异不显着。基因编码序列的Ka/Ks值为0.0249-0.0978,远小于1,说明在基因进化过程中受到了强烈的纯化选择。用PAML 4.4中M8模型的BEB分析BnBOR1,检测到了6个可能受正向选择的氨基酸位点,其中L700位点的概率达到了显着水平。另外,M2（双速率）和M0（单速率）模型检测到BnBOR1;3a和BnBOR1;3c受到相对较小的选择压力。4.硼转运子基因的表达Northern杂交结果表明,在甘蓝型油菜的苗期,BnBOR1主要在根部表达；与拟南芥AtBOR1的转录水平不受硼诱导不同,其在根部明显受缺硼诱导上升表达。大田试验中,用半定量RT-PCR方法检测硼高效品种青油10和硼低效品种Westar不同器官在硼正常和缺硼条件下BnBOR1基因的表达。研究发现,BnBOR1基因家族成员的表达存在组织特异性的分化。BnBOR1;3a和BnBOR1;3c在所有的部位（根、茎、叶、花、蕾和长角果）都检测到表达,而其余四个基因仅在根、茎和花中有一定的表达。在缺硼条件下,BnBOR1;lc、BnBOR1;2a和BnBOR1;2c的表达受缺硼诱导显着的上升。硼高效品种青油10号和硼低效品种Westar之间,BnBOR1基因表达存在明显的差异。无论在正常还是缺硼条件下,BnBOR1;lc在硼高效品种QY10中的表达都要显着的高于硼低效品种Westar。在甘蓝型油菜的花中,硼高效品种QY10所有BnBOR1基因的表达要明显的高于硼低效品种Westar。5.硼转运子基因在甘蓝型油菜遗传连锁图谱上的定位在甘蓝型油菜TN遗传连锁图谱上定位两个硼转运子基因BnBOR2-A和BnBOR7-A。BnBOR2-A位于A1连锁群的46.8 cM处,而BnBOR7-A位于A3连锁群的48.8 cM处。其中BnBOR7-A位于已经报道的硼相关QTLs区间BCRLN（根部硼含量比值）和BARSL（低硼条件下硼累积量根冠比）内（杨锦鹏,2007）。BnBOR7-A基因可能为该QTLs的候选基因。
李桂英,贺雄,叶景荣,卢红艳,汪宁[9]（2010）在《北京人类免疫缺陷病毒1型阳性吸毒者env基因序列测定和亚型分析》文中认为人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virustype 1,HIV-1）高度变异既是病毒自身特点决定的,也是适应环境和免疫逃逸的结果。一般来说感染的途径不同,HIV-1病毒的变异情况也不同。北京于1993年发现首例静脉吸毒感染HIV的吸毒者,2000年开始对吸毒人群进行哨点监测,2006年首次对流动人口中的吸毒者HIV-1毒株亚型进行测定,但关于北京吸毒人群HIV-1的毒株亚型及其分
郝丽霞[10]（2009）在《HIV-1主要抗原蛋白在毕赤酵母和大肠杆菌中的重组表达》文中研究表明人类免疫缺陷病毒（HIV）是造成艾滋病发生的病原体,自1981年美国报告首例AIDS以来,HIV已在全球迅速传播和扩散,其主要原因是基因组比较复杂而且变异程度高,这为诊断试剂和疫苗的研究带来了很大的难度。在机体感染HIV后,最先能检测到的是p24抗原,而后可以检测到外膜糖蛋白gp120和跨膜蛋白gp41等刺激产生的抗体。所以在新一代的HIV抗体诊断试剂盒中使用的包被抗原必须含多种组分,既要有HIV-1的核心抗原P24,还需要加入表面抗原gp120,gp41,HIV-2的表面抗原gp36等。考虑到HIV抗体诊断试剂中包被抗原的复杂性,因此本实验利用基因重组技术将编码p24蛋白基因整合到毕赤酵母GS115中,gp120和gp41编码基因分别导入到大肠杆菌BL21和M15中进行重组表达。以质粒pT24为模板,PCR扩增出p24基因,以酵母分泌型表达载体pPIC9为载体,构建重组酵母表达质粒pPIC924。用限制酶SacI线性化后电转化毕赤酵母GS115,同酵母菌基因组重组,通过MM和MD培养基筛选在两种培养基生长良好的菌种后再经过PCR鉴定获得正确的酵母转化子,计算其整合率为83%,而且有很好的遗传稳定性。液体培养阳性转化子并用甲醇诱导重组蛋白的表达,表达产物以SDS-PAGE和Western blot进行分析,结果表明重组蛋白获得了正确的表达,产量为55.6mg/L。抗原蛋白经过离子柱纯化后应用间接ELISA法包被反应板,对阳性血清进行检测,结果表明酵母表达的重组p24抗原蛋白具有很好的抗原特异性。选择gp120基因上抗原性较强的区段设计引物,PCR扩增出截短的外膜糖蛋白gp120基因,构建表达质粒p120s。将该重组质粒和pT41质粒分别转化大肠杆菌BL21和M15,IPTG诱导表达,SDS-PAGE和Western blot检测目的蛋白。结果显示gp120s实现了可溶性表达,表达量占菌体总蛋白的17.9%。gp41以包涵体的形式表达,表达量占菌体的24.6%。包涵体经过洗涤和变性处理后,变性的包涵体蛋白复性效率是14.1%。利用镍柱亲和层析法对以上两种大肠杆菌表达的重组蛋白进行纯化,纯度分别为63.1%和89%。ELISA结果显示了重组抗原蛋白gp120s和gp41均具有良好的抗原性。本论文在酵母和大肠杆菌两种表达系统中表达了HIV-1重要的抗原蛋白p24,gp120s和gp41,而且都具有较好的抗原特异性。这三种重组抗原蛋白可以为研究抗原蛋白的特性奠定基础,也为HIV-1诊断试剂和亚单位疫苗的开发提供了基础。
二、HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系（论文提纲范文）
（1）大豆驯化过程中的种群历史和选择模式（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 作物驯化 |
| 1.2 大豆驯化及起源 |
| 1.3 大豆基因组及重测序资源 |
| 1.4 选择作用模式 |
| 1.4.1 硬选择性清除和软选择性清除 |
| 1.4.2 软选择性清除案例 |
| 1.4.3 硬选择性清除和软选择性清除印迹的检测方法 |
| 1.5 作物种群历史推断 |
| 1.5.1 群体结构推断 |
| 1.5.2 有效群体大小推断 |
| 1.6 大豆驯化相关性状基因 |
| 1.6.1 茎生长习性 |
| 1.6.2 大豆炸荚抗性 |
| 1.6.3 种子坚硬度 |
| 1.6.4 种皮泥膜 |
| 1.6.5 种皮颜色和休眠 |
| 1.6.6 长童期 |
| 1.6.7 开花性状 |
| 1.7 本文的研究内容和目的 |
| 第2章 Dt1基因在基因组上的选择印迹 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 大豆材料和DNA提取 |
| 2.1.2 引物设计、PCR和测序 |
| 2.1.3 遗传多样性、连锁不平衡与单倍型纯合度分析 |
| 2.1.4 单倍型网络与系统发育分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 Dt1基因单核苷酸多态性及中性检验 |
| 2.2.2 Dt1基因单倍型及其相互关系 |
| 2.2.3 Dt1在基因组区域的选择印迹 |
| 2.2.3.1 局部降低的遗传多样性 |
| 2.2.3.2 延展的单倍型纯合度 |
| 2.2.4 Dt1基因有限生长习性等位基因的起源 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 驯化性状与改良性状 |
| 2.3.2 软选择性清除下的遗传多样性 |
| 2.3.3 有限生长习性的选择强度和选择时间 |
| 2.3.4 选择模式与作物驯化 |
| 第3章 大豆驯化过程中的种群历史和选择模式 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 数据来源 |
| 3.1.2 种群历史分析 |
| 3.1.2.1 材料的选取 |
| 3.1.2.2 序列比对和SNP鉴定 |
| 3.1.2.3 PSMC和SMC++分析方法 |
| 3.1.3 溯祖模拟分析 |
| 3.1.4 群体结构分析 |
| 3.1.5 选择模式分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 大豆杂合度 |
| 3.2.2 大豆驯化过程中的有效群体大小变化 |
| 3.2.2.1 大豆突变率的选取 |
| 3.2.2.2 PSMC分析 |
| 3.2.2.3 SMC++分析 |
| 3.2.2.4 溯祖模拟分析 |
| 3.2.3 大豆驯化过程中的选择模式 |
| 3.2.3.1 不同分析窗口长度下野生和栽培大豆的选择模式 |
| 3.2.3.2 种群历史对选择模式推断的影响 |
| 3.2.3.3 软选择性清除区域的进一步分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 栽培大豆和野生大豆的种群历史 |
| 3.3.2 栽培环境和自然环境下的选择作用模式 |
| 第4章 大豆驯化相关基因的基因组特征及选择位点的鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 数据来源 |
| 4.1.2 基于不同选择特征的五种选择检验方法 |
| 4.1.3 五种选择检验方法的理论功效 |
| 4.1.4 六个驯化相关基因的选取 |
| 4.1.5 基因单倍型网络的构建 |
| 4.1.6 GO富集分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 五种选择检验方法在全基因组上的选择扫描 |
| 4.2.2 六个驯化相关基因的基因组特征 |
| 4.2.3 基于驯化相关基因基因组特征的全基因组选择位点的鉴定 |
| 4.2.4 选择靶位点的GO功能富集分析 |
| 4.2.5 选择靶位点与QTL/GWAS性状关联标记的共线性分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 不同选择检测方法的功效 |
| 4.3.2 逐步硬选择性清除模型 |
| 4.3.3 大豆驯化过程中的选择靶位点 |
| 第5章 结论和展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
（2）重组表达HIV不同亚型gp41蛋白的抗原表位暴露情况分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 仪器与试剂 |
| 1.3 方法 |
| 1.3.1 基因获得 |
| 1.3.2 原核表达载体构建及表达 |
| 1.3.3 重组蛋白纯化 |
| 1.3.4 化学发光夹心法 |
| 2 结果 |
| 2.1 构建及表达 |
| 2.2 GST标签亲和层析纯化 |
| 2.3 发光夹心法检测阴阳性标本反应性 |
| 3 讨论 |
（3）云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 云南省红河州高危人群HIV感染的分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究对象及其基本情况 |
| 3.2 HIV-1 pol区扩增测序基本情况 |
| 3.3 HIV-1 基因亚型及其在不同人群和时间的分布 |
| 3.4 基于全长基因组的2株新型重组毒株和4株G亚型病毒的鉴定 |
| 3.5 新型重组毒株(URFs)的鉴定及人群特征 |
| 3.6 HIV-1 传播簇分析 |
| 3.7 与云南其他地区毒株流行的关系 |
| 3.8 主要HIV-1 毒株的流行动力学分析 |
| 3.9 耐药毒株流行情况 |
| 4 讨论 |
| 第二部分 云南省红河州高危人群与HIV共感染的HCV分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 HCV共感染的情况 |
| 3.2 HCV CE2/NS5B区扩增测序结果 |
| 3.3 HCV的基因亚型及其构成 |
| 3.4 HCV的成簇分析 |
| 3.5 不同时间段的成簇分析 |
| 3.6 HIV与 HCV的共传播 |
| 3.7 HCV的流行动力学析 |
| 4 讨论 |
| 第三部分 云南省红河州高危人群与HIV共感染的HPg V-2 分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 研究方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 HPgV-2抗体与核酸检测结果 |
| 3.2 HPgV-2阳性人员的流行病学特征 |
| 3.3 HPgV-2与HCV的共感染情况 |
| 3.4 HPgV-2抗体阳性者中HPgV-2 RNA阳性的比例 |
| 3.5 单独HPgV-2 RNA阳性率 |
| 3.6 HPgV-2的基因变异和遗传特征 |
| 3.7 HPgV-2的致病特征分析 |
| 3.8 HPgV-2的成簇分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 作者在学期间取得的学术成果 |
| 主要简历 |
| 致谢 |
（4）广西防城港市HIV-1流行株env基因C2V3区序列特征及亚型分析（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 核酸提取和扩增 |
| 1.3 PCR扩增产物鉴定及测序 |
| 1.4 序列分析 |
| 1.5 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 人口学特征 |
| 2.2 基因亚型特征 |
| 2.3 人口学特征与HIV-1亚型的相关性 |
| 2.4 基因型地区分布 |
| 2.5 V3环顶端四肽分析 |
| 2.6 辅助受体分析 |
| 3 讨论 |
（5）郑州地区男男同性恋人群HIV-1感染者基因亚型及耐药分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 实验材料、试剂与仪器 |
| 2.1 样本来源 |
| 2.2 引物设计 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 仪器设备 |
| 2.5 常用试剂的配制 |
| 2.6 主要生物信息分析工具 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 流式细胞仪检测样本CD4~+T淋巴细胞数 |
| 3.2 样本血浆病毒载量的检测 |
| 3.2.1 样本RNA提取 |
| 3.2.2 NUCLISENS EASYQ分析仪实时检测 |
| 3.3 样本血浆病毒RNA提取 |
| 3.3.1 实验前准备 |
| 3.3.2 RNA提取操作步骤 |
| 3.4 样本GAG、POL及GP41区PCR扩增 |
| 3.4.1 GAG区全长基因扩增 |
| 3.4.2 POL区全长基因扩增 |
| 3.4.3 GP41区基因扩增 |
| 3.5 PCR扩增产物鉴定 |
| 3.6 PCR扩增产物纯化 |
| 3.7 PCR产物测序 |
| 3.8 GAG区PCR产物克隆、鉴定和测序 |
| 3.8.1 连接反应 |
| 3.8.2 连接产物的转化 |
| 3.8.3 通用引物T7/SP6 PCR鉴定重组体 |
| 3.8.4 内巢引物PCR扩增鉴定重组体 |
| 3.9 生物信息学分析 |
| 3.10 统计学分析 |
| 4 实验结果 |
| 4.1 基本流行病学资料 |
| 4.2 样本CD4~+T淋巴细胞计数结果 |
| 4.3 血浆病毒载量检测结果 |
| 4.4 PCR扩增结果 |
| 4.4.1 巢式PCR GAG区扩增结果 |
| 4.4.2 巢式PCR POL区扩增结果 |
| 4.4.3 巢式PCR GP41区扩增结果 |
| 4.5 GAG区克隆结果 |
| 4.5.1 蓝白斑筛选结果 |
| 4.5.2 通用引物T7/SP6 PCR扩增鉴定重组体结果 |
| 4.5.3 内巢引物GAG-763/GAG-5 PCR扩增重组体结果 |
| 4.6 GAG区部分测序结果 |
| 4.7 HIV-1业型分析 |
| 4.8 GAG、POL、GP41基因离散率分析 |
| 4.9 MSM人群HIV-1感染者耐药性分析 |
| 4.9.1 蛋白酶抑制剂耐药相关突变分析 |
| 4.9.2 逆转录酶抑制剂耐药相关突变分析 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）甘蓝型油菜硼转运子基因的克隆、表达和分子进化（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 土壤和植物中的硼 |
| 1.2.1.1 土壤中硼的分布和分类 |
| 1.2.1.2 我国土壤中硼的现状 |
| 1.2.1.3 硼在植物中的分布 |
| 1.2.2 硼在植物中的生理功能 |
| 1.2.2.1 硼与细胞壁 |
| 1.2.2.2 硼与细胞膜 |
| 1.2.2.3 硼与碳水化合物 |
| 1.2.2.4 硼与激素 |
| 1.2.2.5 硼与酚类 |
| 1.2.2.6 硼与生殖发育 |
| 1.2.3 硼在植物体中的转运 |
| 1.2.3.1 硼的被动吸收 |
| 1.2.3.2 硼与糖的共运输 |
| 1.2.3.3 水通道介导的硼转运 |
| 1.2.3.4 转运子介导的硼转运 |
| 1.2.4 植物硼营养高效的研究 |
| 1.2.4.1 植物硼营养效率的基因型差异 |
| 1.2.4.2 植物硼营养高效的机制 |
| 1.2.4.3 甘蓝型油菜硼高效的研究 |
| 2 本研究的目的和意义 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 研究内容 |
| 2.3 研究目标 |
| 2.4 技术路线 |
| 3 硼高、低效品种的性状考察 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料和培养方法 |
| 3.1.2 营养液培养试验的设计 |
| 3.1.3 生理指标和硼浓度的测定方法 |
| 3.1.4 数据处理和统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 硼对甘蓝型油菜硼高、低效品种干重和根长的影响 |
| 3.2.2 不同硼水平下,甘蓝型油菜硼高、低效硼累积和转运能力的差异 |
| 3.3 讨论 |
| 4 甘蓝型油菜BnBOR1基因的克隆和分子进化 |
| 4.1 材料和试剂 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 菌株 |
| 4.1.3 试剂和试剂盒 |
| 4.1.3.1 核酸提取以及检测试剂 |
| 4.1.3.2 基因克隆试剂及试剂盒 |
| 4.1.3.3 Southern杂交试剂及试剂盒 |
| 4.2 实验方法和步骤 |
| 4.2.1 植物材料的处理 |
| 4.2.2 核酸的提取 |
| 4.2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 4.2.2.2 基因克隆的总RNA的提取 |
| 4.2.2.3 总RNA中DNA的去除 |
| 4.2.2.4 DNA和RNA浓度的测定和质量检验 |
| 4.2.3 基因克隆 |
| 4.2.3.1 逆转录RACE第一链cDNA合成 |
| 4.2.3.2 5'-和3'-RACE |
| 4.2.3.3 甘蓝型油菜BOR基因全长的分离 |
| 4.2.3.4 BnBOR1-1a上游序列的分离 |
| 4.2.3.5 甘蓝型油菜BOR基因PCR产物的连接转化和测序 |
| 4.2.4 分子进化分析 |
| 4.2.4.1 甘蓝型油菜BOR家族的Southern杂交分析 |
| 4.2.4.2 核酸和蛋白质序列结构和功能的生物信息学分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 总DNA和RNA的提取 |
| 4.3.2 甘蓝型油菜硼转运子基因的克隆 |
| 4.3.2.1 RNA逆转录成cDNA |
| 4.3.2.2 甘蓝型油菜BOR基因3'-和5'-RACE末端克隆 |
| 4.3.2.3 甘蓝型油菜BOR基因全长cDNA和基因组序列的克隆 |
| 4.3.2.4 BnBOR1;1a上游序列的克隆 |
| 4.3.3 分子进化分析 |
| 4.3.3.1 Southern杂交鉴定甘蓝型油菜BOR基因数目 |
| 4.3.3.2 芸薹族BOR1基因核酸序列的特点 |
| 4.3.3.3 BnBOR1基因蛋白质序列的分析 |
| 4.3.3.4 芸薹族BOR1基因的分子进化特征 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 基因家族成员的一些结构特征 |
| 4.4.2 密码子和进化特征 |
| 4.4.3 基因家族的进化关系 |
| 5 甘蓝型油菜硼转运子基因的表达和定位 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 材料和试剂 |
| 5.1.1.1 植物材料 |
| 5.1.1.2 试剂和试剂盒 |
| 5.1.2 实验方法和步骤 |
| 5.1.2.1 植物材料的处理 |
| 5.1.2.2 核酸的提取 |
| 5.1.2.3 BnBOR1的表达分析 |
| 5.1.2.4 硼转运子基因的定位 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 RNA的质量 |
| 5.2.2 表达分析 |
| 5.2.2.1 苗期缺硼诱导表达 |
| 5.2.2.2 组织特异性表达 |
| 5.2.3 硼转运子基因在遗传连锁图谱上的定位 |
| 5.2.3.1 硼转运子基因定位 |
| 5.2.3.2 硼转运子基因与硼相关QTLs |
| 5.3 讨论 |
| 6 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 本研究的主要创新点 |
| 6.3 本研究的不足之处 |
| 6.4 下一步的工作 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（10）HIV-1主要抗原蛋白在毕赤酵母和大肠杆菌中的重组表达（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 HIV 概述 |
| 1.2 HIV 的检测及诊断 |
| 1.3 HIV 疫苗研究 |
| 1.4 重组 HIV 抗原蛋白在原核及真核表达系统中的表达现状 |
| 1.5 论文立题背景及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 HIV-1 型衣壳蛋白p24 在毕赤酵母中的表达、纯化和鉴定 |
| 2.2.2 HIV-1 gp120s 和gp41 在大肠杆菌中的表达和鉴定 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 HIV-1 衣壳蛋白p24 基因的克隆及载体构建 |
| 3.2 HIV-1 gp120s 和gp41 基因的扩增及载体构建 |
| 3.3 重组酵母阳性转化子的获得 |
| 3.4 重组大肠杆菌转化子的获得 |
| 3.5 重组 HIV-1 p24 蛋白的诱导表达和纯化 |
| 3.6 重组gp120s 和gp41 的诱导表达及纯化 |
| 3.7 重组目的蛋白抗原活性的鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 HIV 抗原基因片段的选择 |
| 4.2 重组蛋白表达系统的选择 |
| 4.3 对三种重组HIV-1 抗原蛋白的深入研究 |
| 4.4 对于包含体的处理 |
| 4.5 蛋白鉴定方法 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、HIV-1基因变异和分子进化及其相互关系（论文参考文献）
- [1]大豆驯化过程中的种群历史和选择模式[D]. 钟丽梅. 南昌大学, 2021
- [2]重组表达HIV不同亚型gp41蛋白的抗原表位暴露情况分析[J]. 赵巧辉,李桂林,徐延伟,付光宇,吴学炜,杨增利. 中国卫生检验杂志, 2020(01)
- [3]云南红河州高危人群HIV及其共感染的HCV/HPgV-2病毒的分子流行病学研究[D]. 李天一. 军事科学院, 2019(09)
- [4]广西防城港市HIV-1流行株env基因C2V3区序列特征及亚型分析[J]. 劳飞翔,莫实德,邓培雪,黄洁洁,梁林盼,黎玲莉,廖玮,梁冰玉,叶力. 医学动物防制, 2019(07)
- [5]郑州地区男男同性恋人群HIV-1感染者基因亚型及耐药分析[D]. 宋丹. 郑州大学, 2012(09)
- [6]深圳地区1992-2008年HIV-1分子流行病学研究[J]. 赵广录,于微,张娟娟,陈琳,冯铁建,王峰,洪福昌,王晓辉,李青. 中华流行病学杂志, 2012(01)
- [7]1992—2008年深圳HIV-1 CRF01AE重组株的流行趋势与进化规律[J]. 于微,赵广录,张娟娟,陈琳,冯铁建. 中华预防医学杂志, 2011(11)
- [8]甘蓝型油菜硼转运子基因的克隆、表达和分子进化[D]. 孙进华. 华中农业大学, 2011(04)
- [9]北京人类免疫缺陷病毒1型阳性吸毒者env基因序列测定和亚型分析[J]. 李桂英,贺雄,叶景荣,卢红艳,汪宁. 中华预防医学杂志, 2010(06)
- [10]HIV-1主要抗原蛋白在毕赤酵母和大肠杆菌中的重组表达[D]. 郝丽霞. 东北师范大学, 2009(11)