一、4个YSTRs基因座的复合扩增（论文文献综述）
李锦涛[1]（2021）在《运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究》文中研究说明目的:利用精液特异性甲基化位点确证混合斑中精液的存在,同时利用精液特异性甲基化位点联合的SNP位点确证人群的多态性,并可利用这种多态性进行混合斑中精液供者的个体识别。方法:本课题先利用甲基化敏感型限制性内切酶法（MSRE）对基因组进行酶切,然后利用复合扩增技术（multiplex PCR）和单碱基延伸技术（SBE）对精液、唾液、血液、阴道分泌物特异性的甲基化位点和精液甲基化位点联合的SNP进行检测。构建了针对精液特异性的12个甲基化-SNP联合标记的复合扩增体系,其中甲基化位点12个,SNP位点16个,另外还有唾液、血液、阴道分泌物甲基化位点各一个,方法如下:（1）组织特异性甲基化位点选自文献,同时利用UCSC数据库的common SNP 151数据集在甲基化位点上下游400bp内寻找SNP位点。（2）对筛选出的甲基化-SNP联合标记利用Primer 3软件设计引物,设计时要求在扩增子序列中只有HhaⅠ、HpaⅡ、HpyCH4Ⅳ、BstUⅠ这四种甲基化敏感型限制性内切酶中的一种酶切位点。（3）对设计好的引物进行引物特异性验证,同时对甲基化位点进行组织特异性验证。（4）将所有引物进行复合扩增,并调整复合扩增体系。（5）利用SNaPshot技术检测组织特异性甲基化位点,并同时检测与精液特异性甲基化位点相邻的16个SNP位点,并得出分型结果。（6）对构建好的体系计算法医学参数。结果:1.成功构建了基于毛细管电泳平台（CE）利用SNaPshot技术检测12个精液特异性甲基化-SNP联合标记的体系,其中包括12个甲基化和16个SNP位点,另外还有检测了唾液、血液、阴道分泌物组织特异性甲基化位点各一个。2.对52个中国北方男性的精液进行了多态性统计,体系的个人识别能力达到0.9998。3.成功检测10 ng以上的精液DNA样本。4.可以成功检测精液与其余体液两两构成的混合斑中含量占50%以上的混合斑,并得到其中精液供者的SNP分型。5.可以成功区分由精液、血液、唾液、阴道分泌物四种体液构成的混合斑中组织的来源并得到精液供者的SNP分型。结论:我们建立了一种检测方法可以检测混合斑中精液、唾液、血液、阴道分泌物的组织来源,并可以同时得到精液供者的SNP分型。
王嘉茜[2]（2021）在《河北汉族人群RM Y-STR基因座序列特征及遗传多态性研究》文中提出目的:Y-STR（Y-chromosome short tandem repeats,Y-STR）具有男性特有、父系遗传的特点,在性侵案件调查、父系亲权鉴定、失踪人员男性家系推断等方面具有特殊的应用价值。目前常规应用的Y-STR遗传标记在同一个父系家族中大多表现一致的单倍型,有利于认定同一父系,但无法区分同一父系家族中的不同男性个体。近年来研究发现Y染色体上存在快速突变Y-STR（rapidly mutating Y-STR,RM Y-STR）其突变率大于1×10-2,较普通Y-STR具有更高的遗传多态性,故在男性亲缘个体识别方面可能具有较高应用价值。为1深入研究RM Y-STR的序列结构及遗传特征,本研究采用毛细管电泳（capillary electrophoresis,CE）分型方法和下一代测序技术（next generation sequencing,NGS）探究河北汉族人群中RM Y-STR基因座的基因序列特征、遗传多态性和突变率,评估其法医学应用价值,为RM Y-STR基因座的法医学应用提供基础数据,为法医学解决男性亲缘个体识别提供新的技术方案。方法:1.采用MicroreaderTMRM-Y ID System（包含15个RM Y-STR基因座）对河北汉族475个无关个体和500对父-子样本进行CE检测,对河北汉族人群RM Y-STR基因座进行遗传多态性分析和突变率分析。2.采用本实验室构建的NGS-RM Y-STR分型体系（包含19个RM Y-STR基因座）对44个父-子对样本和2800M DNA进行文库构建、文库质控和上机测序,使用wintermute软件修改版和STRait Razor V3.0软件对NGS下机数据fastq文件进行分析,获得RM Y-STR基因座的序列特征,比较该系统分型结果和CE结果,比较父-子对间分型差异。结果:1.RM Y-STR基因座遗传多态性分析475个河北汉族无关男性个体15个RM Y-STR基因座共计检测出676个等位基因,各基因座检出的等位基因数目8（DYS630）～239（DYF399S1）不等。475个无关男性中共检出474个唯一单倍型,15个RM Y-STR基因座的单倍型多态性高达0.999991,个体识别度99.79%。33个男性个体中还发现52个多等位基因现象,涉及10个基因座。2.RM Y-STR基因座基因序列分析2.1参与测序的所有文库均达到质控标准。DYS547、DYS526 II、DYS526I、DYS713基因座因存在非特异产物,在后续NGS数据分析中去除。DYS449基因座的等位基因判读阈值设置为19.0%,其余基因座等位基因判读阈值为11.0%。64个样本及3个2800M的平均Do C为78643±42879×（mean±SD）,基因座总体平均Do C为4797±5215×（mean±SD）,所有基因座的平均Allele%、Stutter%和Other%占比分别为84%、11%、4%。2.2 NGS-RM Y-STR分型体系除DYS526I存在非特异扩增外,其他基因座均表现良好的特2异性;13个与MicroreaderTMRM-Y ID System共同的基因座,其NGS分型结果与CE分型结果相同;阳性标准品2800M的6次重复测序结果一致,表明该体系有较好特异性、一致性和重复性。2.3 64个样本的NGS结果共检出1498个等位基因,较CE结果多检出74个同等位基因和128个基于长度多态性的等位基因。NGS分型方法检出20次异常的多等位基因分型,涉及5个基因座,NGS相较于CE可以明确多等位基因间的序列差异,还能够通过比较测序深度推断多等位基因的变异来源。3.RM Y-STR基因座的突变率调查对500对父-子对的15个RM Y-STR基因座进行突变率调查,在120对父-子中发现了138次突变事件,包括134次一步突变,3次两步突变和1次三步突变,可区分24.0%的父子,各基因座突变率在2.00×10-3～4.20×10-2之间,平均突变率为1.62×10-2,Kruskal-Wallis检验显示突变与父亲生育年龄有关。NGS方法在64个样本包含的44对父-子中检测到11次突变事件,NGS检测方法锁定了突变的位置和具体的序列,提供了更多有价值的信息。结论:本研究应用NGS技术和CE方法对河北汉族人群RM Y-STR基因座进行序列及遗传特征分析,调查发现15个RM Y-STRs在河北汉族人群中的单倍型多样性达0.999991,具有较高的遗传多态性;其平均突变率为1.62×10-2,能区分24%父子对;本实验室构建的RM Y-STR分型体系具有较好的稳定性、一致性和重复性,获得RM Y-STRs的序列特征,检测到更多的同等位基因,明确了突变位置及序列,并且根据测序深度推断异常等位基因的变异来源,为解决男性亲缘个体识别提供了具有应用价值的遗传标记和技术方法。
尚蕾,丁光树,李万水[3]（2020）在《Y-STR突变在物证鉴定领域的研究及应用进展》文中提出Y-STR是物证鉴定领域重要的遗传标记之一,在父系家族亲缘鉴定、混合斑中男性个体检验等方面应用广泛,然而因其高突变率,给实际应用带来了一些挑战。本文综述了Y-STR突变在国内外物证鉴定领域的相关研究,包括突变率、突变式样、突变影响因素等的研究方法及进展,并探讨了不同突变类型Y-STR（快速、慢速及中速突变Y-STR）的具体应用。其中,重点分析了13个快速突变Y-STR基因座在不同人群中的突变情况、复合扩增及应用效能,指出有两个多拷贝基因座（DYF399S1、DYF403S1）在多个人群中均呈现较高的突变率,且快速突变Y-STR体系对无关个体或者近亲个体均具有更强的分辨效能。同时,着重探讨了Y-STR在男性近亲中的突变式样,即多表现为一步突变,在近亲样本间的最大差异基因座数可为3（Yfiler）～6个（YfilerPlus结合快速突变Y-STR）。综合突变式样等的研究结果,在应用Y-STR开展家系排查时,建议以中速或慢速突变Y-STR作初步比对,以快速突变Y-STR再进行精细比对。比对结果的判定标准应根据Y-STR突变类型的不同加以调整。本文基于Y-STR突变提出了一些思路,希冀对物证鉴定有所助益。
高红艳[4]（2020）在《贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析》文中研究指明目的:（1）调查贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体19个X-STR基因座的遗传多态性,为相应群体法医学和群体遗传学的研究和应用提供基础数据。（2）评估19个X-STR组成的复合检测体系在贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体中的法医学应用价值。（3）从19个X-STR遗传标记的角度,探索贵州北部四个民族群体与中国不同地区、民族、语系群体间的遗传关系,为中国人群起源、迁徙过程中基因交流、融合等研究提供参考依据。方法:（1）采集贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族群体健康无关个体血液样本,共计1494份。（2）采用盐析法提取基因组DNA;使用AGCU X19复合扩增试剂盒扩增19个X-STR基因座（DXS8378,DXS7423,DXS10148,DXS10159,DXS10134,DXS7424,DXS10164,DXS10162,DXS7132,DXS10079,DXS6789,DXS101,DXS10103,DXS10101,HPRTB,DXS6809,DXS10075,DXS10074,DXS10135）;采用自动化遗传分析仪对扩增产物进行分型。（3）计算各基因座等位基因频率、Hardy-Weinberg平衡、连锁不平衡、杂合度、多态性信息含量、个人识别率和平均父权排除概率等法医学参数;将19个X-STR基因座按照7个连锁群计算单倍型频率、单倍型法医学参数,以及累计的个人识别率和累计的平均父权排除概率。（4）基于19个X-STR等位基因频率,采用综合的群体遗传分析方法,对贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个民族及25个其他地区民族群体进行遗传关系分析;结合历史学、民族学、语言学等特征,探讨群体起源、迁徙、融合的演化历史。结果:（1）贵州北部地区仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体19个X-STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡;男性个人识别率分布在0.54340.9166、0.52060.9183、0.48320.9171、0.52130.9206之间;女性个人识别率分布在0.70300.9871、0.68970.9875、0.65720.9872、0.67780.9882之间。二联体平均父权排除概率分别为0.86750.9860、0.87830.9863、0.82900.9756、0.85950.9810;三联体平均父权排除概率（Desmarais版）分别为0.92640.9964、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904。（2）19个X-STR基因座作为7个连锁群进行计算,四个民族群体的单倍型频率分布在0.00400.1331、0.00400.1338、0.00400.1765、0.00400.1391之间;单倍型多样性在0.92640.9929、0.93270.9931、0.90200.9876、0.92150.9904之间;男性个人识别率分布在0.93060.9930、0.93620.9931、0.90870.9877、0.92620.9904之间;女性个人识别率分布在0.99100.9999、0.99250.9999、0.98500.9997、0.98990.9998。7个连锁群联合应用时,四个民族群体男性累计的个人识别率分别为1-2.9051×10-12、1-3.2856×10-12、1-1.8676×10-11、1-6.8879×10-12,女性累计的个人识别率分别为1-8.2079×10-22、1-9.8315×10-22、1-3.2112×10-20、1-4.6216×10-21;累计的二联体平均父权排除概率分别为1-3.1736×10-10、1-3.5442×10-10、1-2.3368×10-9、1-7.4986×10-10;累计三联体平均父权排除概率均大于1-2.5766×10-9。（3）群体分析综合结果显示,本研究的四个民族群体紧密聚集在一起,群体遗传距离最近,与汉语族以及壮-侗语族的不同聚类群体重叠分布,与藏族群体显着分离,遗传距离最远。结论:（1）19个X-STR基因座在贵州北部仡佬族、土家族、汉族和苗族四个群体中多数为高度多态性遗传标记,获得的群体遗传学数据在法医学及人类群体遗传学的研究和应用中具有较高应用价值。（2）19个X-STR基因座所在的7个连锁群均为高度多态性的遗传标记,联合应用时具有高度的多态性和法医学系统效能,可满足X染色体遗传标记相关的一些特殊案件和复杂亲缘关系鉴定的需求。（3）29个中国群体遗传关系分析显示出较为明显的民族-语系以及地理聚类的特征。本研究四个民族群体均表现为典型的地理聚集特征,可能与其历史上长时期混居所致的基因融合有关。除藏族外,其他不同群体聚类关系既具有在语系-民族起源上内在联系的独特性,又呈现出随地域分布和人口迁移产生的多群体间相互影响广泛关联的特征。
周咏松[5]（2020）在《基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究》文中认为研究背景及目的Y染色体短串联重复（short tandem repeat,STR）标记作为法医DNA检验中广泛使用的常染色体STR的有效补充方法之一,经过近三十年的发展,Y-STR检验已经发展成为一种非常成熟的,刑事案件侦查中不可或缺的辅助技术手段。近年来,联合应用Y-STR标记和毛细管电泳检测平台,在一系列恶性案件和陈年积案的侦破中取得了十分显着的成效。因此,Y-STR标记越来越受到法医科研人员和一线办案民警的关注和重视。2017年,Y-STR单倍型数据库（Y库）建设在全国各地纷纷启动。目前,我国已拥有全世界规模最大的Y库。我国的Y库建设和应用工作可谓如火如荼,Y-STR在辅助刑事案件侦查等方面也有着极为广泛的应用和独特的应用价值。然而,我们对Y-STR标记进行基础研究的速度和深度却远不及我国Y库建设的速度和应用的广度。因此,无论是在Y库建设还是在实际应用过程中一系列问题也接踵而至。一方面,在决定选择用什么样的Y-STR基因座和多少个基因座进行案件检验和Y库建设时,可能存在一定的依袭性和盲目性。几乎从来没有以科学的基础研究数据为依据,也没有考虑基因座间等位基因的关联关系以及不同群体间遗传背景的差异等问题。通常只是以Y-STR基因座的遗传差异度（genetic diversity,GD）、等位基因的数量或突变率等单个因素为依据,对基因座进行筛选和组合。即便如此,或许我们对这些因素的认知也存在一些误区。第一,我们在挑选基因座时普遍认为GD值越大的基因座越好,通常会把GD值大的基因座优先纳入Y-STR检测系统。第二,认为基因座越多越好,在检测系统能够容纳的前提下,我们总是希望尽可能地把更多的基因座塞进一个Y-STR检测系统。然而,是不是GD值越大的基因座越好,基因座越多越好,随意将GD值大的基因座组合在一起,所得系统的整体识别能力（discrimination capacity,DC）就一定最大等一系列问题尚缺乏系统性的研究。另一方面,虽然我们已经增加了单个个体样本的基因座检测数量,但是随着Y库中Y-STR单倍型的数量越来越多,将现场生物样本的Y-STR单倍型输入Y库进行搜索时,与人员样本单倍型匹配的概率也越来越大。其中,很多人员样本的单倍型可能还分散在全国各地、不同公安部门的Y库中。这不仅加大了案件排查的工作量,同时也增加了案件侦查的工作难度和复杂程度。面对这种窘境,最常用的方法就是通过追加更多的Y-STR检验,进一步排除已经“比中”的人员样本,尽可能地缩小排查范围。然而,由于我们没有对这些基因座间的关联关系进行过充分的研究,通常追加的Y-STR基因座,并没有达到高效排除已经“比中”的人员样本、缩小排查范围的目的;或者说追加的Y-STR基因座与Y库中已检测的Y-STR基因座联合后,其单倍型的个体DC并没有明显增加。影响Y-STR检测系统DC的除了基因座的数量以外,还有基因座的遗传多态性特征、被检人群的遗传背景以及基因座间的关联关系等诸多因素。我们急需引入一种新的Y-STR基因座组合筛选方法。这种方法必须要考虑到基因座间的关联关系,要尽可能地减少组合中基因座间的冗余信息。信息论中的香农熵原理似乎具备这种潜能,可以尝试用于Y-STR基因座组合的筛选。香农熵是指信息中去除了冗余后的平均信息量,它是信息论中用来评估随机变量的平均不可预测性的方法。如果把一个基因座或基因组中的某一段特定区域当作随机变量,把基因座中的不同等位基因或该区域中的不同单倍型看作变量对应的状态,那么我们就可以用香农熵来描述基因座或特定基因组区域中的信息量。因此,在本研究中,我们决定从Y-STR基因座的多态性、基因座间等位基因的关联关系、不同人群的遗传背景差异对Y-STR基因座的影响等方面进行初步探索性研究,并尝试利用信息论中的香农熵原理为不同的目标人群筛选合适的Y-STR基因座组合,以期为Y-STR检验在法医学中的应用和遇到的一些现实问题提供可信的科学依据和有效的解决办法。方法1.从已发表的文献中选择Y-STR基因座,以GenBank（?）数据库中的参考序列为模板设计PCR扩增引物,基于六色荧光标记和毛细管电泳平台构建多重PCR复合扩增系统Y-STR 34plex。2.对Y-STR 34plex的种属特异性、精确性、抑制剂耐受性、灵敏度及组分变化的容忍性等性能进行系统评估和验证。3.同时用Y-STR 34plex和AGCU Y SUPP两个Y-STR复合扩增系统（共46个Y-STR基因座）,分别对玉林汉族（n=229）、湖南汉族（n=400）、湖南苗族（n=666）、湖南瑶族（n=611）、湖南侗族（n=643）和湖南土家族（n=633）等六个人群,共计3182份健康男性无关个体血液样本进行分型检测。4.计算46个Y-STR基因座的GD值、单体熵（single-locus entropy,Hsingle）等法医学评估参数,分析基因座两两间的关联程度并计算归一化熵差（normalized entropy difference,NED）。5.同时用基于香农熵原理筛选基因座组合法、依据基因座GD值和Hsingle值大小顺序依次组合法三种方法,分别在六个群体中筛选基因座组合。6.比较NED和基因座组合在六个群体间的差异,比较三种不同基因座筛选方法筛选出的基因座组合的DC、单倍型多样性（haplotype diversity,HD）、匹配概率（match probability,MP）、唯一单倍型比例（fraction of unique haplotypes,FUH）等法医学应用参数。结论1.在本研究中,我们通过系统设计实验方案、反复调整引物以及不断优化多重PCR体系中的各个组分,最终构建了一个新的Y-STR PCR复合扩增系统,命名为 Y-STR 34plex。Y-STR 34plex 可一次扩增和检测包括 DYS533、DYS596、DYS518、DYS393、DYS448、YGATAH4、DYS444、DYS481、DYS439、DYS389 I、DYS438、DYS570、DYS456、DYS458、DYS392、DYS645、DYS390、DYS447、DYS460、DYS627、DYS576、DYS449、DYS593、DYS635、DYS389Ⅱ、DYS557、DYS549、DYS19、DYS643、DYS437 和 DYS391 等 31个单拷贝基因座和DYF387S1 a/b、DYS527 a/b和DYS385 a/b等3个多拷贝基因座。性能验证结果表明,Y-STR 34plex具有良好的抗抑制能力、混合DNA检验能力、男性特异性和精确性,同时具有灵敏度高、PCR反应体系组分变化容忍性较高等特点。2.46个Y-STR基因座的GD值、Hsingle等法医学评估参数以及NED在不同的人群间存在极显着的差异。3.我们引入了一种基于香农熵原理为法医学应用筛选Y-STR基因座组合的新方法。基于香农熵筛选出的基因座组合具有人群特异性,在不同的人群中,基因座组合中基因座的入选顺序和构成均具有明显的差异。4.在基因座数量相等时,基于香农熵原理筛选出的基因座组合比以往的仅依据单个基因座遗传多态性指标筛选出的组合,在组合的Hjoint和DC等法医学应用参数方面表现得更优秀。5.在法医DNA应用中,Y-STR的主要用途是缩小排查范围和提供侦查线索。如果我们一味地追求Y-STR组合的个体DC,显然不是一种十分明智的选择。仅凭单基因座遗传多态性指标或无节制地增加基因座,也不是获得经济的Y-STR组合的理想方法。6.在条件允许的情况下,应尽可能地扩大备选Y-STR基因座的选择范围,为目标人群筛选出最优的Y-STR组合。7.在选择Y-STR基因座组合时,应该全面考虑人群的遗传特征、群体大小、备选基因座在目标人群中的遗传多态性以及基因座间的关联关系等因素,才能筛选出适用于目标人群的Y-STR基因座组合。
杨凯润[6]（2020）在《基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究》文中研究说明[目的]基于MiSeq二代测序平台构建一个高通量Y-STR遗传标记复合检测体系,进行江苏汉族人群的Y-STR遗传多态性研究,获得各Y-STR基因座的序列多态性、相关群体遗传和法医学参数,为法医学应用提供理论依据和基础数据。[方法]1.通过商业化试剂盒及文献调研筛选75个法医常用Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座作为候选。使用Primer 5.0软件设计76个基因座的特异性引物,以2800M标准品（Promega公司）作为DNA样本,引物合成后通过PCR、琼脂糖凝胶电泳实验验证引物有效性。2.通过MiSeq FGx平台,使用PCR-Free法进行文库构建,构建完成的文库进行定量和质检。经引物序列及引物浓度调整优化复合扩增体系,构建复合扩增体系。3.收集149例江苏汉族无关个体FTA 口腔试纸样本,2800M作为阳性对照,超纯水作为阴性对照。使用PrepFiler Automated Forensic DNA Extraction试剂盒提取样本DNA,使用QubitTM dsDNA HS Assay Kit对样本DNA进行定量。利用建立的复合分型体系进行分型。4.通过Notepad软件中录入基因座的配置文件并利用STRait Razor 3.0软件对MiSeq FGx平台生成的fastq文件进行分析,获取各基因座的等位基因分型及序列信息。5.使用Arlequin Version 3.5软件计算各基因座的法医学应用参数。采用直接计算法计算人群样本的基因多样性（Gene Diversity,GD）和单倍型多样性（Haplotype Diversity,HD）。在分析样本数据各基因座的序列时,使用Cluster X软件进行多序列的比对。并使用Origin Pro 9.0作图软件对数据进行作图分析。[结果]1.本研究成功构建由67个Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座组成的复合扩增体系,该体系扩增片段长度范围在350bp以下,1.0ng模板DNA可获得满意的分型结果。在江苏汉族群体中,149例无关男性个体全部成功分型,共检出149种单倍型,总体单倍型多样性（HD）和Y-STR分型系统的分辨能力（DC）分别为0.999999......和0.999999......。基因多样性（gene diversity,GD）值为 0.1275-0.9969,53 个 Y-STR基因座的 GD 值大于 0.6。67个Y-STR基因座共检出814个等位基因,包含了重复区的序列多态性及侧翼区的序列多态性。相比基于长度多态性分型,等位基因增加349个。2.在江苏汉族149例男性无关个体中,3个Y-STR基因座出现等位基因异常分型的情况,其中有5例样本在DYF387a/b表现为三等位基因模式。1例样本在DYS404Sla/b基因座表现为三等位基因模式;6例样本在DYF399Sla/b/c基因座表现为四等位基因模式,1例样本在DYF399Sla/b/c基因座表现为五等位基因模式。3.本研究对67个Y-STR基因座的序列多态性进行了研究,有45个Y-STR基因座存在长度相同但序列不同的情况,其中DYS385a/b、DYS388、DYS389 Ⅰ、DYS390、DYS439、DYS459a/b、DYS481、DYS522、DYS531、DYS576、DYS626 基因座在侧翼序列存在差异碱基。与以往研究进行比对,在 50 个 Y-STR（DYS19、DYS385a/b、DYF387Sla/b、DYS389 Ⅱ、DYS391、DYF399SIa/b/c、DYS404Sla/b、DYS439、DYS443、DYS444、DYS446、DYS447、DYS448、DYS449、DYS458、DYS459a/b、DYS460、DYS485、DYS505、DYS508、DYS510、DYS518、DYS520、DYS527a/b、DYS531、DYS552、DYS557、DYS587、DYS593、DYS596、DYS612、DYS617、DYS622、DYS626、DYS627、DYS630、DYS641、DYS644、DYS645、DYS710、DYS720、Y-GATA-A10、Y-GATA-H4）基因座上发现369个新重复区变异;在11个 Y-STR（DYS385、DYF387S1、DYS388、DYS389 Ⅰ、DYS390、DYS439、DYS459、DYS481、DYS522、DYS531、DYS626）基因座发现13个新侧翼变异。4.本研究对核心重复结构为复合重复结构的27个Y-STR基因座进行了 stutter序列分析,有 10 个 Y-STR（DYS390、DYS437、DYS447、DYS448、DYS520、DYS552、DYS587、DYS593、DYS596、DYS622）基因座的stutter序列的测序深度占靶基因的比例小于10%;有15个Y-STR（DYS19、DYF387a/b、DYS389Ⅱ、DYS449、DYS510、DYS518、DYS527a/b、DYS557、DYS626、DYS627、DYS630、DYS635、DYS710、DYS720）基因座的 stutter序列的测序深度占靶基因的比例大于10%,而小于20%;DYS612基因座的stutter序列测序深度偏高,测序深度占靶基因的0.4188±0.0688。DYS710基因座在样本中出现了 2bp复制滑脱的非特异性扩增,测序深度占靶基因的0.3372±0.087。DYS19基因座在样本中出现了 2bp复制滑脱的非特异性扩增,测序深度占靶基因比例小于10%。[结论]1.本研究使用NGS技术,构建了 67个Y-STR基因座和1个性别判定Amelogenin基因座的复合扩增体系,检出通量大,分型稳定、准确,可应用于法医学实践。2.该体系在江苏汉族群体中具有高度遗传多态性,获得的法医学参数和群体遗传学数据可以为法医学实践和人类遗传学研究提供基础数据。3.45个Y-STR基因座存在长度相同但序列不同的情况,其中有13个Y-STR基因在侧翼序列上存在差异碱基。在50个Y-STR基因座发现369个新等位基因,在11个Y-STR基因座发现13个新侧翼序列变异。侧翼序列的差异碱基可以提高个体识别力和法医学鉴定效能,对Y-STR基因座的个体识别起到辅助作用。新等位基因为Y-STR基因座提供了更丰富的遗传多态性,同时也为群体遗传学研究提供基础数据。4.发现DYF387a/b、DYS404S1a/b、DYF399S1a/b/c基因座在江苏汉族群体中出现基因异常分型的情况。Y-STR基因座的异常分型可提高个体识别力,但在混合斑鉴定中需特别注意这种异常分型情况的发生。
刘晋玎[7]（2020）在《利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究》文中认为目的:在法医物证学研究中,混合生物检材一直是检验的难点,因为其组成人数和各组成成分比例的不确定性,造成混合斑的解释困难,使得证据不能发挥原本的效力。目前常规检测的生物标记是短串联重复序列（Short tandem repeat,STR）,包括常染色体STR和Y染色体STR标记。对于混合斑STR分型结果的解析,也发展了基于峰高、峰面积等似然比法、贝叶斯理论的统计学方法等,但不同的方法解析标准不一样。而且,由于遮盖效应（Masking effect）,传统STR标记只能检测出混合比例在1:10以上的混合斑中的次要参与者,如果混合比例在1:10以下,则无法获得次要参与者的分型。近年来,法医学者发展了更多的遗传标记,例如单核苷酸多态性位点（Single nucleotide polymorphism,SNP）、插入缺失位点（insertion-Deletion polymorphism,INDEL/DIP）、微单倍型标记（Microhaplotype）,极大的提高鉴定混合斑的灵敏度,但由于SNP、DIP和微单倍型位点由于其多态性较低,目前只能作为补充检测。2013年,Hall D等学者提出了一种联合标记DIP-STR,将DIP位点的高灵敏度和STR基因座的高多态性结合,用于检测不平衡混合斑。Zhang L等学者提出利用扩增阻滞突变系统（Amplification refractory mutation system,ARMS）原理,实现SNP-STR的联合标记检测,并将其应用于不平衡混合斑。综合以上生物标记的优势,我们提出了运用DIP-SNP和DIP-Microhaplotype遗传标记检测不平衡混合斑和降解的不平衡混合斑。建立利用等位基因特异性引物复合扩增技术、SNaPshot微测序技术和毛细管电泳（Capillary electrophoresis,CE）技术的复合体系,并探索了这两类联合遗传标记在不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的应用。方法:1、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选DIP-SNP遗传标记:1)DIP位点的等位基因长度（插入或者缺失的碱基）介于2bp-10bp之间;2)DIP位点不能位于重复区;3)DIP和SNP位点的杂合度≥0.2;4)DIP和SNP位点距离≤300bp。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。2、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选新的DIP-SNP遗传标记:1)SNP位点位于DIP位点的上下游150bp以内;2)avHET≥0.2;3)DIP-SNP遗传标记位于不同染色体。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑、二参与者降解不平衡混合斑的检测灵敏度。3、建立基于DIP-Microhaplotype遗传标记对不平衡混合斑和降解检材的分析方法:（1）按照以下标准,在数据库中筛选DIP-Microhaplotype遗传标记:1)Microhaplotype位点位于DIP位点上游或者下游150bp以内;3)DIP和SNPs的avHET≥0.2;4)DIP-Microhaplotype遗传标记位于不同染色体。（2）根据等位基因特异性扩增技术,利用Primer 3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。（3）构建L型和S型复合扩增体系。（4）设计单碱基延伸引物,构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。（5）利用60例山西汉族健康无关个体,调查人群数据。（6）检测复合体系的灵敏度和种属特异性。（7）评估单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对单一降解检材、二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。（8）对10000对二参与者模拟混合斑进行44个基因座的分析。结果:1、我们共建立了2个DIP-SNP体系,分别包含有14个和20个DIP-SNP遗传标记,其中有3个基因座在山西人群中无多态性。其余基因座多态性良好,分布符合Hardy-Weinberg平衡。两个体系的累计个人识别概率分别为0.999882971和0.998363862。对混合斑检测的平均有效性标记值为0.301和0.293。两个复合体系可以检测到1ng以上DNA模板。复合体系在检测二参与者混合斑中的次要参与者时,灵敏度分别为1:50和1:100。单个基因座对二参与者混合斑中的次要参与者进行检测时,灵敏度均为1:1000。2、该10个DIP-Microhaplotype遗传标记在山西汉族人群中多态性良好,分布符合Hardy-Weinberg平衡。该系统的累计个人识别概率为0.998805889。具有种属特异性。DIP-SNP遗传标记的表型个数从2到4个。其中有1个基因座的DIP位点无多态性,其余9个基因座对混合斑检测的平均有效性标记值（Informative marker value,I value）为0.308。使用0.1ngDNA模板即可获得目标峰,但是为了得到更可信的峰,我们推荐使用1-10ngDNA模板。对二参与者混合斑中次要参与者独有的单倍型的检测灵敏度为1:100。单个基因座对二参与者混合斑中次要参与者的检测灵敏度为1:1000。通过对10000对模拟混合斑的44个基因座分析,有效性标记的个数为3-24个,平均为13.5个,有效性标记越多,检测到的次要参与者的单倍型越多,对次要参与者的个人识别力越高。结论:本实验成功构建了2个DIP-SNP复合体系和1个DIP-Microhaplotype复合体系,并验证了其在单一降解检材、不平衡混合斑、降解的不平衡混合斑的应用价值。DIP-SNP和DIP-Microhaplotype两类遗传标记可作为法医DNA混合斑检测时的一种补充工具。未来需要筛选更多这样的遗传标记。
张家硕[8]（2019）在《STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究》文中研究指明目的:筛选更多的人类常染色体补充STR基因座,并针对筛选的STR基因座,构建补充STR基因座检测试剂盒,完成法医学验证和群体遗传学调查,为复杂亲缘关系鉴定、突变事件、个体识别等提供新的检测标记和检测手段。方法:1.以人类基因组遗传图谱和人类研究中所使用的位点为基础,采用Ensembl基因组数据库和UCSC所建立的Galaxy系统人类基因组浏览器,运用生物信息学技术,对人22条常染色体进行扫描,筛选符合法医学应用的常染色体STR基因座。2.选择18个新发现的常染色体STR基因座,另加入1个CODIS STR（D2S1338）、1个性别基因座Amelogenin和1个Y-STR（DYS391）,通过优化复合扩增反应体系和PCR反应条件,构建五色荧光标记的多重复合扩增荧光检测体系（称SiFaSTR 21plex NC）。3.对构建的SiFaSTR 21plex NC多重复合扩增体系进行灵敏度、种属特异性、稳定性、精确性等法医学评估,并调查纳入STR基因座的群体遗传学参数。结果:1.本研究在人类全基因组范围内筛选到35个相互独立的、符合法医学应用的常染色体STR基因座,并选取其中18个STR基因座成功构建了多重复合扩增体系。2.构建的SiFaSTR 21plex NC复合扩增体系的法医学验证结果:在DNA模板量低至0.125ng时可以获得完整分型,非人源基因组DNA污染的检材不会对人源基因组DNA分型造成干扰,在有抑制剂存在的情况下仍能获得较好的分型结果。因此,该体系具有种属特异性好,灵敏度高,特异性强,适用性广,重复性高等特点。3.构建的SiFaSTR 21plex NC复合扩增体系的群体遗传学结果:18个新发现的常染色体STR基因座在532个无关个体中共观察到182个等位基因;经Bonferroni校正后（p>0.05/18）,STR基因座在检测的人群中均遵循Hardy-Weinberg遗传平衡;平均杂合度达到0.7254;多态性信息含量（除D1S1616、D3S2457、D8S1039外）均大于0.60;平均个体识别概率达到0.8862。二联体累积非父排除率（CPEduo）和三联体累积非父排除率（CPEtrio）分别为1-2.9×10-7和1-1.9×10-8。DYS391基因座在所有男性样本中检测为单一峰,在所有女性样本中均未检测到分型结果,GD值为0.4113。结论:本研究筛选到了 35个适用于法医学应用的补充STR基因座;构建了包含20个STR及1个牙釉质蛋白基因座Amelogenin在内的荧光标记复合扩增体系SiFaSTR 21plex NC,其中18个常染色体STR基因座是新发现的具有高度多态性的遗传标记。筛选的补充STR基因座及构建的检测体系为法医学研究提供了新的检测遗传标记和检测手段,为司法鉴定领域提供了新的技术储备,可以更好地完成亲权鉴定和个体识别。
尚蕾,莫晓婷,杨帆,张建,余政梁,马新,赵兴春,李万水[9]（2018）在《多拷贝Y-STR基因座在法庭科学领域的研究》文中研究表明Y-STR技术现已成为法庭科学领域重要的检验鉴定方法。目前单拷贝Y-STR基因座广受瞩目,然而,多拷贝Y-STR基因座在Y染色体上有24个拷贝,多态性更高,可望作为Y-STR鉴定的重要补充。迄今为止,已报道的多拷贝基因座达几十种,其中包含多个快速突变的基因座。利用各地的人群样本,国内外陆续开展了针对少数多拷贝基因座的遗传多态性研究,其中,国内的此类研究多集中于河南汉族人群,全面的研究工作仍待推进。现有的Y-STR复合扩增体系多数只包含23个多拷贝基因座,将大量多拷贝Y-STR基因座纳入复合扩增体系将可能提升系统的检验效能。本文从多拷贝Y-STR基因座的结构特点、突变特点、遗传多态性及复合扩增研究等多方面进行了综合评述,并提出了未来多拷贝Y-STR基因座的研究方向,为Y-STR技术更好地应用于法庭科学领域进行了初步探索。
盛翔[10]（2018）在《法医学插入缺失多态性位点的筛选及体系构建》文中指出目的:应用插入缺失多态性（Insertion/Deletion Polymorphism,In Del）遗传标记,构建一套适合于中国主要人群、具有高个人识别能力、可在法医学DNA实验室推广使用的多重PCR复合扩增荧光检测系统,旨在为法医DNA检测分析提供有效的新工具。方法:1.采用UCSC、Genome Browser和NCBI db SNP筛选适用于中国主要人群、具有高个人识别能力,覆盖于人类22对常染色体及性别染色体上的In Del遗传标记。2.建立包含四色荧光标记（FAM、HEX、TAMRA和ROX）的多重PCR复合扩增荧光检测系统。分子量内标采用第五色荧光染料LIZ500橙色荧光标记,组成45个In Dels基因座的复合扩增体系（简称45-In Dels）。对构建的In Del复合扩增分型体系进行包括引物配比浓度、DNA模板量、退火温度等PCR反应条件的调整优化,得到均衡稳定的PCR产物分型结果,实现45个In Dels基因座的单管复合扩增检测。3.根据构建的45-In Dels基因座的电泳迁移率文件和3130XL遗传分析仪的Gene Mapper ID v3.2.1软件要求建立panel、bin分析文件,使用五色荧光Matrix文件与LIZ500分子量内标,建立了基于3130系列遗传分析仪的自动毛细管电泳检验方法。4.对已构建复合扩增体系进行种属特异性、灵敏度、稳定性、适用性等法医学验证,并调查遗传标记的法医学参数。结果:1.本论文研制了覆盖人类全基因组22条常染色体及性别染色体的45-In Dels基因座的多重PCR复合扩增荧光检测系统,并建立了适用于3130、3100、3500系列遗传分析仪的自动化分型方法。2.构建的45-In Dels复合扩增体系在DNA模板量低至500 pg时可以获得完整分型,具有种属特异性,重复性好,适用性强。3.对200人份无关个体进行45-In Dels基因座的复合扩增检测,获得了这些基因座的等位基因频率以及基础法医学参数,其中常染色体上27个In Del基因座平均杂合度达到0.56,平均个人识别概率达到0.60,多态性信息容量（除rs2307783位点外）均大于0.3,CPD和CPE分别达到0.9999和0.9859以上;对于X染色体上16个In Del基因座,在女性群体中的累积个体识别概率（CPDfemale）为0.999997,在男性群体中的累积个体识别概率（CDPmale）为0.999787,三联体和二联体的累积平均排除率（CMECTrio和CMECDuo）分别达到0.9978和0.9732以上。Y染色体上的两个基因座在检测样本中均能达到性别判断的要求,在男性样本中检测到单一峰,在女性样本中均未检见分型结果,两个位点在调查人群中的GD值分别为0.47和0.27。结论:45-In Dels复合扩增体系可提供27个常染色体、16个X染色体及2个Y染色体的多态性遗传标记信息,检测片段短,适用于法医学常见检材及降解检材,为法医学研究及实际工作提供了新的补充检测手段。
二、4个YSTRs基因座的复合扩增（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、4个YSTRs基因座的复合扩增（论文提纲范文）
（1）运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 精液特异性CpG-SNP复合检测体系构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样本采集 |
| 1.1.2 主要试剂及耗材 |
| 1.1.3 主要实验仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 不同体液DNA的提取、纯化和定量 |
| 1.2.2 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 1.2.3 引物设计 |
| 1.2.4 酶切样本的制备 |
| 1.2.5 组织特异性验证 |
| 1.2.6 SNP多态性验证 |
| 1.2.7 MSRE-PCR复合扩增体系的建立 |
| 2 结果 |
| 2.1 CpG-SNP联合区域筛选 |
| 2.2 酶切效能的评估 |
| 2.3 组织特异性验证 |
| 2.4 SNP多态性验证 |
| 2.5 MSRE-PCR复合扩增结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 单碱基延伸反应体系构建 |
| 3.2 组织特异性评估以及位点阈值的划定 |
| 3.3 DNA纯化对酶切效率的影响 |
| 4 结论 |
| 第二部分 CpG-SNP复合检测体系法庭科学有效性的评估 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 种属特异性的验证 |
| 1.2.2 年龄相关性验证 |
| 1.2.3 灵敏度检测 |
| 1.2.4 含精液混合斑检测 |
| 1.2.5 法医学参数统计与计算 |
| 2 结果 |
| 2.1 种属特异性验证 |
| 2.2 年龄相关性验证 |
| 2.3 灵敏度检测 |
| 2.4 混合斑检测 |
| 2.4.1 两种体液构成混合斑的检测 |
| 2.4.2 等比例混合斑的检测 |
| 2.5 法医学参数统计与计算结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 从生物学标记角度分析混合斑问题的发展现状 |
| 参考文献 |
| 附录Ⅰ 112个样本的峰高 |
| 附录Ⅱ 112个样本的CML值 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）河北汉族人群RM Y-STR基因座序列特征及遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 快速突变Y-STRs的法医学研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）Y-STR突变在物证鉴定领域的研究及应用进展（论文提纲范文）
| 1 Y-STR突变的研究内容及方法 |
| 1.1 突变率的研究方法 |
| 1.2 突变式样的研究方法 |
| 1.3 突变的影响因素及研究方法 |
| 2 Y-STR突变的研究现状 |
| 2.1 Y-STR的突变率 |
| 2.2 Y-STR的突变式样 |
| 2.3 Y-STR突变的影响因素 |
| 3 Y-STR不同突变类型的应用 |
| 3.1 快速突变Y-STR |
| 3.1.1快速突变Y-STR的复合扩增 |
| 3.1.2快速突变Y-STR的应用效能 |
| 3.2 慢速突变Y-STR |
| 3.3 中速突变Y-STR |
| 4 展望 |
| 补充材料 |
（4）贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析（论文提纲范文）
| 中英缩略词对照表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 附表 |
（5）基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 Y-STR 34plex荧光标记PCR复合扩增系统的开发及性能验证 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1. 实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 辅助软件及在线资源 |
| 1.5. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. Y-STR 34plex primers优化 |
| 2.2. Y-STR 34plex Allelic Ladder制备 |
| 2.3. Y-STR 34plex分型系统性能验证 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. 引物设计和基因座排布 |
| 3.2. 反应组分变化 |
| 3.3. 灵敏度和混合样本检验能力 |
| 3.4. 抗抑制能力 |
| 4. 结论 |
| 第二部分 基于香农熵原理筛选适用于目标人群的Y-STR基因座组合 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1.实验试剂 |
| 1.2. 仪器设备及耗材 |
| 1.3. DNA样本 |
| 1.4. 实验方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1. 基因座间的关联结构分析 |
| 2.2. 单个基因座的多样性指标及其相关性分析 |
| 2.3. 评估不同人群中的总信息熵 |
| 2.4. 基于香农熵原理筛选Y-STR基因座组合 |
| 3. 讨论 |
| 3.1. Y-STR基因座间等位基因的关联特点 |
| 3.2. 基因座组合在不同人群间的差异 |
| 3.3.基因座数量与基因座组合DC的关系 |
| 3.4. 不同基因座筛选方法的比较 |
| 3.5. 基于香农熵原理筛选基因座组合的局限性 |
| 3.6. 本研究的科学意义和应用价值 |
| 4. 结论 |
| 综述 Y-STR标记在法医学中的应用 |
| 1. Y-STR标记和复合扩增系统 |
| 2. Y-STR单倍型数据库 |
| 2.1. Y染色体遗传特性及国外Y-STR数据库简介 |
| 2.2. 我国的Y库建设及特点 |
| 3. Y-STR及Y库的实际应用 |
| 3.1. 混合样本检测 |
| 3.2. 父系血缘关系排查 |
| 3.3. 亲缘搜索 |
| 3.4. 男性个体识别 |
| 3.5. 亲权鉴定 |
| 4. 问题及展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
（6）基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 1 Y-STR概述 |
| 2 Y-STR检测技术 |
| 3 Y-STR基因座的选择 |
| 4 Y-STR数据库及查询方法 |
| 5 75个Y-STR基因座的序列特点 |
| 6 Y-STR基因座基因分型数据分析 |
| 第二章 Y-STR基因座和Amelogenin基因座复合检测体系的构建 |
| 1 实验材料 |
| 2 研究方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三章 67个Y-STR基因座在江苏汉族人群中的序列多态性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 5 展望 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 综述 Y染色体短串联重复序列及法医学应用研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士研究生期间获得的学术成果与奖励 |
| 致谢 |
（7）利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 常用缩写词中英文对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 14个DIP-SNP遗传标记复合体系检测不平衡混合斑的应用 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果及人群数据 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 二参与者混合斑检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 DIP-SNPs在基因组中的广泛性分布 |
| 3.2 等位基因差异性扩增的原则 |
| 3.3 14个DIP-SNP遗传标记的多态性 |
| 3.4 DIP-SNP在混合斑检测上的潜力 |
| 3.5 使用DIP-SNP检测混合斑的优点和缺点 |
| 4 结论 |
| 第二部分 20个DIP-SNP遗传标记复合体系检测降解混合斑的应用研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 复合扩增体系对降解检材的灵敏度 |
| 2.6 二参与者混合斑检测 |
| 3 讨论 |
| 3.1 20个DIP-SNP遗传标记的多态性 |
| 3.2 20个DIP-SNP遗传标记在混合斑检测上的潜力 |
| 3.3 DIP-SNPs对降解检材的检测能力 |
| 3.4 使用DIP-SNP检测降解不平衡混合斑 |
| 4 结论 |
| 第三部分 10个DIP-Microhaplotype基因座检测不平衡混合斑的探索性研究 |
| 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 复合体系的毛细管电泳分型结果 |
| 2.2 人群的多态性信息 |
| 2.3 复合体系的灵敏度 |
| 2.4 种属特异性 |
| 2.5 复合体系对降解检材的检测 |
| 2.6 二参与者混合斑检测 |
| 2.7 模拟混合斑分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 10个DIP-Microhaplotype遗传标记的多态性 |
| 3.2 10个DIP-Microhaplotype遗传标记在混合斑检测上的潜力 |
| 3.3 DIP-Microhaplotypes对降解检材的检测能力 |
| 3.4 联合 44 个 DIP-DNA 多态性遗传标记的鉴定分析 |
| 3.5 实验方法优点和缺点 |
| 4 结论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（8）STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一部分 常染色体补充STR基因座的筛选 |
| 1 材料 |
| 1.1 DNA样本 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 基于数据库筛选补充STR的原则及流程 |
| 2.2 基于QIAxcel分析仪筛选补充STR |
| 3 结果 |
| 3.1 补充STR基因座筛选流程 |
| 3.2 单个基因座引物设计的结果 |
| 3.3 候选基因座多态性筛选的结果 |
| 4 结论 |
| 第二部分 补充STR基因座复合荧光扩增体系的构建 |
| 1. 材料 |
| 1.1 实验样本 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂 |
| 2 方法 |
| 2.1 CODIS基因座及其他位点选择 |
| 2.2 引物设计和优化 |
| 2.3 复合扩增体系的构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 引物设计和优化结果 |
| 3.2 单个基因座扩增结果与分析 |
| 3.3 单色复合扩增结果与分析 |
| 3.4 SiFaSTR 21-plex NC复合扩增结果分析 |
| 3.5 5Dye光谱校正文件建立和分子量内标的检测 |
| 3.6 等位基因分型标准品的制备和等位基因的命名 |
| 4. 结论 |
| 第三部分 补充STR基因座复合扩增体系的验证及其法医学应用研究 |
| 1 样本 |
| 2 方法 |
| 2.1 DNA提取 |
| 2.2 复合扩增和毛细管电泳检测 |
| 2.3 种属特异性研究 |
| 2.4 灵敏度研究 |
| 2.5 抗抑制性研究 |
| 2.6 混合样本研究 |
| 2.7 精确性研究 |
| 2.8 Stutter研究 |
| 2.9 数据统计和分析 |
| 2.10 质量控制 |
| 3. 结果和讨论 |
| 3.1 种属特异性研究 |
| 3.2 灵敏度研究 |
| 3.3 抗抑制剂研究 |
| 3.4 混合样本研究 |
| 3.5 精确性和重复性研究 |
| 3.6 案件类型样本检测 |
| 3.7 Stutter分析 |
| 3.8 均衡性分析 |
| 3.9 PCR条件研究 |
| 3.10 群体遗传学参数调查 |
| 3.11 系统效能的比较 |
| 4 结论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 STR遗传标记在法医学的研究进展与展望 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文 |
| 攻读硕士学位期间参与的科研项目 |
| 致谢 |
（9）多拷贝Y-STR基因座在法庭科学领域的研究（论文提纲范文）
| 1 多拷贝Y-STR基因座的研究进展 |
| 1.1 结构特点 |
| 1.2 突变特点 |
| 1.3 遗传多态性 |
| 1.4 复合扩增 |
| 2 多拷贝Y-STR基因座的研究与应用展望 |
（10）法医学插入缺失多态性位点的筛选及体系构建（论文提纲范文）
| 中文提要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一部分 InDel位点的筛选 |
| 1 方法 |
| 2 结果 |
| 第二部分 复合荧光标记多重PCR扩增体系的建立 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 结论 |
| 第三部分 复合荧光标记多重PCR扩增体系的验证与法医学应用 |
| 1 样本 |
| 2 方法 |
| 3 结果和讨论 |
| 4 结论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文及参与的科研项目 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 致谢 |
四、4个YSTRs基因座的复合扩增（论文参考文献）
- [1]运用DNA甲基化和SNP复合标记进行体液来源鉴定和个人识别探究[D]. 李锦涛. 山西医科大学, 2021
- [2]河北汉族人群RM Y-STR基因座序列特征及遗传多态性研究[D]. 王嘉茜. 河北医科大学, 2021(02)
- [3]Y-STR突变在物证鉴定领域的研究及应用进展[J]. 尚蕾,丁光树,李万水. 刑事技术, 2020(04)
- [4]贵州北部四个民族19个X-STR基因座遗传多态性及群体遗传关系分析[D]. 高红艳. 遵义医科大学, 2020
- [5]基于香农熵原理为目标人群筛选合适的法医学Y-STR基因座组合的初步研究[D]. 周咏松. 南方医科大学, 2020(01)
- [6]基于二代测序的Y-STR分型体系构建及遗传多态性研究[D]. 杨凯润. 昆明医科大学, 2020
- [7]利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究[D]. 刘晋玎. 山西医科大学, 2020
- [8]STR基因座复合扩增体系的构建及其法医学应用研究[D]. 张家硕. 苏州大学, 2019(02)
- [9]多拷贝Y-STR基因座在法庭科学领域的研究[J]. 尚蕾,莫晓婷,杨帆,张建,余政梁,马新,赵兴春,李万水. 刑事技术, 2018(02)
- [10]法医学插入缺失多态性位点的筛选及体系构建[D]. 盛翔. 苏州大学, 2018(12)